FyloKód už ve verzi 4c

 Oficiální logo FyloKódu, navržené Rickem Ree (Zdroj: www.ohio.edu)

    FyloKód, v dnešní době - deset let po jeho prvním uveřejnění na stránkách Ohio University - stále pouze návrh Mezinárodních pravidel pro fylogenetickou nomenklaturu, má pro vývoj moderní biologické systematiky značný význam. Již dnes jej lze využívat jako průvodce pro ustanovení nového jména a jeho definice, stejně jako pro konvertování jména z úrovňového systému do fylogenetického. Nicméně až do doby, kdy vyjde obsáhlé kompendium definovaných jmen, zvané PhyloNyms: a Companion to the PhyloCode - tedy zhruba někdy ke konci letošního nebo začátku příštího roku - je stále jen neformální a nikdo není nucen k tomu, aby se jím řídil. Jmen, která splňují všechny požadavky FyloKódu, je beztak jen velmi málo (Taylor 2007). S oficiálním uvedením FyloKódu ale ztratí význam dokonce i tyto vzácné výjimky, pokud se nebudou shodovat s tím, co je psáno ve PhyloNyms.

    Protože od oficiální publikace FyloKódu už nejsme daleko, nepřekvapí, že text tohoto souboru pravidel je už téměř ve finální podobě. Do dnešního dne bylo na internetu publikováno již 8 různých verzí, průběžně nahrazujících jedna druhou. Rozdíly byly někdy nepatrné (např. mezi verzemi 2a a 2b), jindy byl jejich význam větší a autoři kódu v nich reagovali na kritiku či podněty třetí strany, přičemž někdy byly tyto reakce doprovázeny i peer-reviewed prácemi v žurnálech o biologické systematice (de Queiroz 2007 např. odůvodňuje a dále rozvíjí způsob, jakým FyloKód reguluje jména korunních a total kladů). Jistý přelom obecně představovala verze 3a (Cantino & de Queiroz 2006), ve které došlo k závažné změně té části textu, ve které se doporučuje postup pro konverzi již dříve existujících jmen. Jde konkrétně o doporučení 10.1B, které říká, že pokud bylo dané jméno používáno častěji než kterékoli jiné k označení uričtého korunního kladu - tedy takové skupiny, která zahrnuje dva dnes žijící zástupce, jejich posledního společného předka a všechny potomky tohoto předka -, mělo by být definováno jako vztahující se ke korunnímu kladu, dokonce i kdyby bylo daleko častěji používáno pro jiný, obsáhlejší klad. Toto doporučení má velký dopad na problematická jména, jako jsou Mammalia (savci), Tetrapoda (čtvernožci), a především Aves (ptáci). O definici těchto jmen se diskutuje už od počátků fylogenetické nomenklatury před 25 lety a stále se nedošlo k uspokojivým výsledkům. Část FyloKódu známá jako 10.1B je jen doporučení, ne nařízení, ale po vydání PhyloNyms sním bude možné argumentovat proti autorům, snažícím se změnit některé kontroverzní případy přiřazení jmen korunním kladům.

    S vydáním verze 3a však vývoj FyloKódu neustrnul a v rychlém sledu následovaly verze 4a (Cantino & de Queiroz 2007a) a 4b (Cantino & de Queiroz 2007b). Od poslední z nich však trvalo dva a půl roku, než se objevila další editace, a mohlo se snadno zapomenout na to, že ani verze 4b nebyla ta, co bude implementována. S verzí 4c, dokončenou 12. ledna 2010, má FyloKód k oficiálnímu vydání ještě o něco blíž. Jistě stojí podívat se na změny, které se v ní udály oproti předchozím konceptům:

• zahrnutí doporučení 9.6B:

If more than one reference phylogeny is cited in the protologue, one of them, and ideally a single figure or tree, should be designated as the primary reference phylogeny.

Cantino & de Queiroz 2010:38, Chapter IV, Article 9

("Pokud je v protologu [veškerých údajů přidaných k formulaci nového jména - diagnóze, definici, ilustraci apod.] citován více než jeden odkaz na fylogenetickou hypotézu, pouze jeden z nich, nejlépe jediný obrázek nebo stromek, by měl být určen za primární.")

• zahrnutí požadavku 11.8:
  

  11.8. In order for the reference phylogeny to be useful, either the specifiers used in the phylogenetic definition must be included in the reference phylogeny (see Art. 9.6) or the protologue must include a statement indicating how the specifiers are related to the taxa that are included in the reference phylogeny.

  Note 11.8.1. An acceptable mechanism for indicating how the specifiers are related to the taxa in the reference phylogeny is to cite a taxon name that is labeled on the reference phylogeny parenthetically after the name of the specifier in the definition.

  Note 11.8.2. If a clade name is converted from a typified name under a rank-based code, or is derived from the stem of such a name, and the type of that name is not included in the reference phylogeny, the type must still be used as an internal specifier (see Art. 11.7), and its relationship to taxa included in the reference phylogeny must be stated in the protologue.

  Cantino & de Queiroz 2010:51, Chapter IV, Article 11

  ("Aby mohl být odkaz na fylogenetickou hypotézu užitečný, specifikátory užité ve fylogenetické definici buď musí být v této hypotéze zahrnuty [viz článek 9.6], nebo protolog musí zahrnovat výrok o příbuznosti mezi použitými specifikátory a druhy zahrnutými ve odkazované fylogenetické hypotéze.

  Poznámka 11.8.1. Přijatelný způsob, jak vyznačit příbuznost specifikátorů a taxonů v odkazované fylogenetické hypotéze, je uvést jméno taxonu obsaženého v této hypotéze v závorkách za jménem specifikátoru.

  Poznámka 11.8.2. Pokud je jméno kladu konvertované ze jména typifikovaného v rámci úrovňového kódu [typifikované jméno je založené na typu, kterým může být rod, druh nebo exemplář, namísto toho, aby samo popisovalo obsah skupiny], nebo je odvozené od základu takového jména, a typ tohoto jména není zahrnut v odkazované fylogenetické hypotéze, je stále nutné použít typ jako interní specifikátor [viz článek 11.7] a jeho příbuzenství s taxony zahrnutými v této hypotéze musí být uvedeno v protologu.") 

• změna poznámky 11.1.1:
  

  Note 11.1.1. When a species is cited as a specifier, the implicit specifier is the type of that species name (if a type has been designated) under the appropriate rank-based code. Therefore, whichever currently accepted species includes the type specimen of the species name cited in the definition is the specifier. If the species name originally cited as a specifier is no longer accepted, either because the species has been recircumscribed or assigned to a different genus under rank-based nomenclature, then the species name with which it has been synonymized automatically becomes the name of the specifier species. However, the type of the name originally used as a specifier, rather than that of the currently accepted species name, remains the implicit specifier. If the type of a specifier species name changes under the rank-based code, the implicit specifier changes accordingly. A species may be used as a specifier even if it lacks a type.

  Cantino & de Queiroz 2010:48, Chapter IV, Article 11

  ("Když je druh citován jako specifikátor, implicitním specifikátorem je typ tohoto druhového jména [pokud byl ustanoven] pod příslušným úrovňovým kódem. Ať už tedy typ druhového jména citovaného v definici patří kterémukoli právě uznávanému druhu, stává se tento druh specifikátorem. Pokud druhové jméno citované původně jako specifikátor už není uznáváno, buď protože byl tento druh nově popsán, nebo byl pod úrovňovou nomenklaturou přiřazen k jinému rodu, stává se jménem specifikátorového druhu automaticky to jméno, se kterým bylo to původní synonymizováno. Implicitním specifikátorem však zůstává typ původního druhu, ne ten, který patří nově uznávanému druhovému jménu. Pokud se typ specifikátorového druhu změní pod úrovňovým kódem, implicitní specifikátor se mění spolu s ním. Druh smí být použit jako specifikátor i tehdy, když typ postrádá.")

• změna a rozšíření platnosti článku 11.7, který nově vyžaduje použití typu jako specifikátoru nejenom pro konvertovaná jména postavená na preexistujících rodových jménech, ale i pro všechna jména kladů konvertovaná z typifikovaných jmen, bez ohledu na jejich taxonomickou kategorii
  

• přidání článku 9.4:
  

  Art. 9.4, It is permissible to establish a name with a crown clade definition using an internal specifier that is not extant on the publication date under the following conditions: If that internal specifier is a species, either the specifier must have been extant as of 1500 CE or there must be specimens of the specifier species in existence that were collected when that species was extant. If that internal specifier is a specimen, the organism must either have died in or after 1500 CE or have been alive when it was collected.

  Cantino & de Queiroz 2010:38, Chapter IV, Article 9

  ("Zavést jméno s definicí odpovídající korunnímu kladu tehdy, kdy použitý interní specifikátor již v době publikace nežije, je povoleno za následujících podmínek: pokud je interním specifikátorem druh, specifikátor buď musel žít ještě v roce 1500 našeho letopočtu, nebo musí existovat exempláře specifikátorového druhu získané v době, kdy tento druh žil. Pokud je interním specifikátorem konkrétní exemplář, musel tento exemplář buď zemřít v nebo po roce 1500 našeho letopočtu, nebo musel být získán v době, kdy byl naživu.")

• přidání poznámky 21A.1:
  

  Note 21A.1. When a species uninomen is combined with other names than the prenomen, the names do not have to agree in gender and number (plural vs. singular). Therefore, the ending of the uninomen does not have to change. The uninomen can be viewed as a name in its own right, rather than as an adjectival modifier of the clade name.

  Cantino & de Queiroz 2010:76, Chapter X, Article 21

  ("Pokud je jednoslovné jméno druhu zkombinováno s jiným jménem než s prenominem [jménem, odpovídajícím pod FyloKódem jménu rodovému], nemusí se tato jména navzájem shodovat v rodu nebo čísle [množné nebo jednotné]. Koncovka jednoslovného jména druhu se tak nemusí změnit. Jednoslovný název druhu může být považován za samostatné jméno spíše než za modifikátor jména kladu.")

    Pokud jde o další, drobnější změny, zde by bylo příliš vyčerpávající srovnávat verzi 4c se staršími koncepty. Každý čtenář, který by o něco takového měl zájem, tak může učinit sám, neboť text FyloKódu je volně stažitelný na stránkách Ohio University, spolu se všemi předcházejícími verzemi. Proto jistě stačí, budu-li na tomto místě citovat předmluvu:

Other minor modifications were the addition of three Notes (2.2.1, 9.6.2, and 21.4A.1), the transfer of most of Art. 20.1 and Note 20.1.1 to a new Art. 19.1, and changes in Art. 2.2 (formerly Note 2.1.4), Art. 4.2, Art. 8.1, Art. 8.4, Note 9.3.1, Art. 9.6 (with the related addition of Rec. 9.6A), Art. 9.8, Note 9.8.2 (and the addition of an example), Rec. 9A, Art. 10.1, Art. 10.2, Art. 10.5 and its Notes, Art. 10.9, Rec. 10D, Rec. 11A Ex. 1, Art. 15.11, Art. 17.1 (with the related deletion of former Art. 9.2), Art. 19.5, and Appendix A. Table 1 is now Appendix C.

Zdroje:

• Cantino, P. D. & de Queiroz, K. 2006. PhyloCode: International Code of Phylogenetic Nomenclature. Version 3a. Ohio University. [last revised June 16, 2006]  
• Cantino, P. D. & de Queiroz, K. 2007a. PhyloCode: International Code of Phylogenetic Nomenclature. Version 4a. Ohio University. [last revised July 31, 2007]  
• Cantino, P. D. & de Queiroz, K. 2007b. PhyloCode: International Code of Phylogenetic Nomenclature. Version 4b. Ohio University. [last revised September 12, 2007]  
• Cantino, P. D. & de Queiroz, K. 2010. PhyloCode: International Code of Phylogenetic Nomenclature. Version 4c. Ohio University: www.ohio.edu/PhyloCode. [last revised January 12, 2010] 
• de Queiroz, K. 2007. Toward an integrated system of clade names. Systematic Biology 56 (6):956-974.