pan-Aves


Zleva doprava: ara hyacintový (Anodorhynchus hyacinthinus), zdroj: flickr.com (JMJ32); Gigantoraptor a Alectrosaurus, autor Luis V. Rey

Nové abstrakty k 6.11.2011 – Ptáci

Další "Nové abstrakty" přichází později, než jsem původně zamýšlel, ale nakonec přece jen.

    Jako první bych zmínil dvě studie z open-access žurnálu PLoS ONE, které vyšly v rozmezí pouhých 12 dní a které obě popisují nové, odvozené zástupce kladu Troodontidae. Troodontidi jsou většinou zastíněni dromeosauridy, svou rozmanitější (pravděpodobnou) sesterskou skupinou, jde však o skupinu známou po velmi dlouhou dobu (Troodon sám byl popsán už roku 1856), která navíc vykazuje několik zajímavých znaků včetně největších mozků v poměru k velikosti těla (Makovicky & Norell 2004) mezi non-avialanními dinosaury a která má velmi blízko k ptákům ve smyslu "archeopterygova uzlu". V množství dostupných osteologických informací ale panuje značný nepoměr mezi odvozenými troodontidy ze svrchní křídy a bazálnějšími taxony, odkrývanými v posledních letech z čínských souvrství proslavených svou kvalitou prezervace. Právě z nich pochází "spící drak" Mei long, díky vulkanickému popílku trojrozměrně (!) uchovaný v typicky ptačí pozici s hlavou pod křídlem, nebo Anchiornis, známý ze stovek exemplářů se skvostně dochovaným obrysovým peřím.
    Se svrchnokřídovými troodontidy je to ale celkem bída, ať už pocházejí ze Severní Ameriky, nebo Asie. K troodonovi, popsanému na základě jediného zubu, bylo sice časem přiřazeno mnoho dalších exemplářů, které jsou ale všechny fragmentární a neumožňují kompletní rekonstrukci kostry. Saurornithoides, Zanabazar a Xixiasaurus jsou známi z poškozené lebky a neúplné postkraniální kostry, Byronosaurus ze dvou silně nekompletních koster a ještě hůř na tom jsou Borogovia, Urbacodon, Tochisaurus (metatarzus), vloni popsaný Geminiraptor (maxilla), Pectinodon (zuby), Koparion (zuby). Troodontidy tak lze bez velkého přehánění označit za jedny z nejvzácnějších dinosaurů. Nyní ale zachraňují situaci Linhevenator tani a Talos sampsoni, první definitivně troodontidní taxon popsaný ze severoamerické svrchní křídy v posledních 75 letech.

Rekonstrukce kostry bazálního ptáka Talos sampsoni, provedená v "paulovském stylu". Červeně jsou vyznačeny dochované elementy, ty bílé byly zrekonstruovány podle troodona a saurornitoida (taxon S. mongoliensis), talosových příbuzných z řad odvozených troodontidů. (Zdroj: Zanno et al. 2011: Figure 1)

    Nejprve k talosovi, jehož popisu se zhostili Zanno a spol. Ti svou studii začínají přehledem taxonomie severoamerických troodontidů. Currie (1987) sesynonymizoval s troodonem taxony Stenonychosaurus (známý z několika exemplářů, dnes tvořících většinu troodonova kosterního materiálu) a Pectinodon (založený na zubech); v důsledku toho se začalo všem troodontidním fosiliím ze severoamerické svrchní křídy říkat Troodon formosus. V poslední revizi Currie (2005) začal bývalého stenonychosaura rozeznávat znovu, nyní pod jménem Troodon inequalis. Zanno a spol. na tyto změny reagují: vzhledem k možnému vyřazení řady troodontidních fosilií z T. formosus (a vzhledem k reálné možnosti, že z T. formosus samotného se stane nomen dubium) radši nazývají diskutované exempláře katalogovými čísly. Považují taky za nepravděpodobné, aby kostry z lokalit vzdálených 4000 km v prostoru a 20 milionů let v čase skutečně patřily jedinému terminálnímu taxonu – snad je příčinou současného monopolu T. formosus celurosauří absence nápadných osteologických signálů "druhové" příslušnosti, jakými jsou rohy a hřebeny ceratopsidů nebo hadrosauridů. Pro závěr, že troodontidních terminálních taxonů bylo více, než se jich dnes v nejpozdnější křídě západní Severní Ameriky rozeznává, svědčí rovněž fakt, že areály ostatních pozdněkampánských suchozemských obratlovců jsou spíše malé (Gates et al. 2010) a že plocha areálu koreluje s tělesnými rozměry (např. Burness et al. 2001), které u troodona nebyly právě ohromující.
    Co se samotného nového taxonu týče, holotyp UMNH VP 19479 tvoří neúplná postkraniální kostra zahrnující hřbetní, křížové a ocasní obratle, fragmenty předních končetin, částečnou pánev a části obou zadních končetin. Zvíře, kterému patřila, měřilo kolem dvou metrů a jeho hmotnost byla z obvodu holenní kosti vypočtena na 38 kg. Nalezen byl v utažské Kaiparowits Formation (odkud byli popsáni např. Utahceratops a Kosmoceratops), jejíž stáří bylo argon-argonovým datováním určeno na 75,95 ± 0,18 milionů let. Jméno vychází jednak z řecké mytologie – Talós byl okřídlený obr ochraňující Krétu, který podlehl zranění kotníku – a jednak jde o hříčku na anglické slovo "talon", znamenající "pařát". Diagnóza využívá jak jedinečné kombinace znaků, tak i výčtu autapomorfií, které jsou následující: extrémně zúžený interkondylární můstek na kosti hlezenní; široká rýha ve tvaru písmene V na proximální straně hlezenní kosti, oddělující její tělo od vzestupného výběžku; a malý výčnělek v distálním rohu jamky pro vnější postranní vaz na metatarzálu IV, vytvářející okrouhlou prohlubeň mezi distálními kondyly téže kosti. Autoři se také snaží určit, jaký vztah má Talos k troodontidnímu materiálu již dříve nahlášenému ze souvrství Kaiparowits a dosud řazenému pod T. formosus. Úkol to je ale obtížný, protože buď chybí dostatek překrývajícího se materiálu, který by šlo s talosovým holotypem porovnat (což je případ neurčitého paraviana UCMP 149171, stejně jako mnoha izolovaných zubů) – v takovém případě radši autoři materiál k talosovi nepřiřazují, neboť k tomu krom zeměpisné a chronostratigrafické blízkosti nemají žádný podklad –, nebo není jisté, zda jsou odlišnosti od troodona fylogeneticky informativní či jen ontogeneticky podmíněné (levá čelní kost UMNH VP 16303).
    Fylogenetická analýza byla založena na poměrně staré datové matrici Norella et al. (2000), která se soustředí právě na troodontidy. Autoři do ní doplnili v té době neznámého meie a sinovenatora, opravili a doplnili kódování, přidali znaky a odebrali nadbytečné ornitomimidy a "oviraptorosauridy" [sic] – jednak proto, že je zajímají vnitřní příbuzenské vztahy troodontidů, nikoli jejich pozice v rámci teropodů; jednak proto, že vkládat rozsáhlé klady jako jedno OTU obecně není vhodné (různí zástupci mohou disponovat různými znakovými stavy). Analýza této matrice vyprodukovala šest nejúspornějších stromků, v nichž se liší jednak vzájemný vztah meie a sinovenatora, jednak právě pozice talose (viz obrázek níže). Ten ale vždy skončil jako zástupce odvozeného subkladu troodontidů ze samého konce křídy, podpořeného celkem 5 odvozenými znaky. Vzájemné vztahy těchto odvozených troodontidů jsou ale značně nestabilní.
    Pomocí tří histologických vzorků odebraných z holenní a stehenní kosti se Zanno a spol. pokusili určit věk talosova holotypu. Všechny tři shodně obsahují minimálně 3 čáry zastaveného růstu (LAGs) a lze v nich zaznamenat střídající se období rychlejšího růstu (charakteristického fibrolamelární kostí) a pomalejšího růstu (lamelární kost + LAGs). Pokud se LAGs ukládaly každoročně, musel být typový exemplář talose ve 4. roce života; na vzorku z lýtkové kosti jsou ale při obvodu patrné ještě další dvě linky, které (jde-li skutečně o další LAGs) svědčí spíše o stáří 5 až 6 let. Absence dobře vyvinutých Haversových systémů naznačuje, že růst ještě nebyl završen, ale šířka mezer mezi proužky lamelární kosti klesající směrem k obvodu kosti naznačuje, že se už alespoň zpomaloval. Závěr, že šlo o téměř dospělé zvíře, které ale ještě nedorostlo svých maximálních rozměrů, potvrzují i švy mezi obratlovými centry a neurálními oblouky (stále otevřené u několika dorzálních a aspoň 1 křížového obratle), volné křížové obratle a astragalus nesrostlý s kalkaneem. Histologie také naznačuje, že Talos byl v dospělosti podstatně menší než Troodon; jeho holenní kost srovnatelné délky totiž má LAGs pouze dvě.
    Posledním tématem, kterým se Zanno a spol. zabývají, je patologie, kterou na prvním článku talosova druhého prstu na noze zaznamenala mikrotomografie. Citováni jsou Li et al. (2008), kteří na sérii stop demonstrovali, že se tento prst nijak nepodílel na rozložení hmotnosti těla při pohybu, a dosavadní návrhy, podle kterých by mohlo jít o nástroj k predaci, šplhání, vnitrodruhovou zbraň analogickou k ostruhám dnešních hrabavých (McGowan 1994), nebo obranou zbraň podobnou zvětšenému drápu na druhém prstu u nohy kasuárů (Folch 1992). Vzhledem k zátěži, kterou by s sebou jakékoli z těchto využití nutně neslo, lze u tohoto prstu očekávat častá zranění. A u talose tento element stopy vážného poškození skutečně nese: krom povrchové léze byla silně pozměněna i vnitřní struktura kosti, snad v důsledku zlomeniny nebo infekce. Srovnání se zdravou kortikální kostí pomocí mikroCT ukazuje na hnisavou osteomyelitidu (= zánět kostní dřeně); jak přesně to ovlivnilo funkčnost prstu a zadní končetiny vůbec ale není nejisté. Zdá se ale, že kloubící povrchy poraněného prstního článku příliš poškozeny nebyly a prst si tedy zachovali jistý stupeň pohyblivosti.

Porovnání kostí z distální zadní končetiny, náležejících taxonům Troodon formosus a Talos sampsoni; účelem obrázku je ilustrovat talosovy diagnostické znaky (viz seznam autapomorfií níže v článku). Talos je vždy nalevo, Troodon napravo. Ukázány jsou hlezenní kosti z bočního (A) a proximálního (B) pohledu; distální část třetí nártní kosti (metatarzálu) při pohledu seshora (C; Troodon je na dvou snímcích napravo) a distální část čtvrtého metatarzálu z šikmého distálního (vlevo) a svrchního (vpravo) pohledu (D; Talos je na dvou snímcích nalevo). Význam zkratek: (dd) dorzolaterální (horní a postraní) prohlubeň, (dp) dorzolaterální výčnělek v jamce vnějšího postranního vazu, (dg) dorzolaterální rýha, (ib) interkondylární můstek hlezenní kosti, (ln) postranní zářez na hlezenní kosti, (lt) boční výstupek, (pg) proximální rýha na hlezenní kosti, (sc) vnější (laterální) a vnitřní (mediální) kondyl hlezenní kosti, u talose oba přibližně stejně velké. (Zdroj: Zanno et al. 2011: Figure 3)

    Linhevenator, kterého popisuje Xu s kolektivem, pochází z oblasti Wulatehouqi v čínském Vnitřním Mongolsku, geologicky pak z kampánského souvrství Wulansuhai (stáří zhruba 80 až 70 milionů let). Autoři jej chvályhodně diagnostikují prostřednictvím jedinečných odvozených znaků (autapomorfií), mezi něž patří protáhlá postranní obruba na kosti jařmové, dolní čelist s anteroventrálně (dopředu a dolů) orientovaným hřebínkem na kosti nadúhlové; kost stehenní, jejíž vnitřní strana je blízko distálního konce lehce vypouklá; a konečně mělký, široký žlábek táhnoucí se po poslední třetině vrchní strany třetí nártní kosti (metatarzálu). Z kostry je toho známo celkem dost (včetně toho nejdůležitějšího, tj. lebky i se spodní čelistí), fosilie jsou však značně poškozeny erozí; nejvíce asi utrpěly kloubící plošky postkraniálních kostí. Chybí také valná část páteře (krom šesti hřbetních obratlů), ruce, stydká kost a střední část zadní končetiny (holenní a lýtkové kosti). Několik odvozených znaků jednoznačně identifikuje linhevenatora coby deinonychosaura; nejvýznamnější je v tomto ohledu veliký dráp na druhém prstu u nohy. Pro troodontidní příslušnost dále svědčí některé znaky kosti slzné a silně asymetrický nárt s tenkým a krátkým metatarzálem II a masivním metatarzálem IV. Na rozdíl od bazálních troodontidů typu meie nebo sinovenatora má Linhevenator arktometatarzální nohu (s metatarzály II a IV těsně přiléhajícími k zúženému metatarzálu III; tento stav byl docela dlouho považován za odvozený znak údajného kladu složeného z tyrannosauroidů, ornitomimosaurů a troodontidů, dokud se nepřišlo na to, že bazální zástupci všech těchto skupin jej vlastně postrádají) a typické zuby s krátkými, zakřivenými, u základny zúženými korunkami a háčkovitým zoubkováním. Fylogenetická analýza linhevenatora odhalila v polytomii s troodonem a kladem (Zanabazar + Saurornithoides mongoliensis).
    Autoři upozorňují na to, že Linhevenator naše porozumění troodontidní evoluci dost komplikuje: v některých ohledech připomíná spíš dromeosauridy než troodontidy; navzdory své fylogenetické pozici sdílí s bazálními troodontidy znaky, které jemu blíže příbuzní odvození troodontidi postrádají (velký týlní otvor větší než týlní hrbol, pneumatické otvůrky na obratlích); a jako by toho nebylo málo, ačkoli holotyp linhevenatora spolehlivě pochází od dospělce, připomíná více juvenilního než dospělého byronosaura (např. tvarem čenichu, příčkou mezi předočnicovým a maxillárním oknem ležící v jedné rovině s boční stranou lebky). Některé z důležitých troodontidích znaků tedy musely vykazovat jistou developmentální proměnlivost. Pozoruhodné také je, že nejpodobnější dromeosauridům nejsou bazální troodontidi, jak by se dalo očekávat, ale naopak ti odvození; včetně linhevenatora a troodona, kteří dromeosauridy připomínají morfologií II. prstu na zadní končetině a (zřejmě funkčně spjatým) krátkým nártem. Obě skupiny zřejmě své nohy při lovu používaly obdobně.
    Linhevenator má také podivně krátké přední končetiny: ruka se sice nedochovala, pažní kost však ano, a ta zabírá jen 40% délky kosti stehenní, což překonává i kompsognáta (44%), krátkorukého dromeosaurida austroraptora (46%) a blíží se tyrannosaurovi (29%) a aukasaurovi (35%), který patřil mezi abelisauridy – do skupiny, v níž atrofie předních končetin u teropodů dosáhla vrcholu. Je to poměrně překvapivé, jelikož odvozený troodontid, u nějž by šlo délku obou kostí porovnat, dosud prakticky nebyl znám a bazální troodontidi přední končetiny zas tak extrémně krátké nemají, ačkoli dromeosauridy i avialany v tomto ohledu překonávají. Existují indicie, že podobně krátké mohly být i přední končetiny troodona (Russell 1969), což by nasvědčovalo tomu, že v rámci troodontidů existovala podobná tendence ke krátkorukosti, která je zdokumentována od alvarezsaur(o)idů a tyrannosauroidů. Zároveň se ale zdá, že navzdory značnému zkrácení pažní kosti si přední končetiny uchovaly značnou sílu: velký deltopektorální hřeben naznačuje přítomnost masivních prsních a deltových svalů, díky kterým mohly být končetiny s velkou silou staženy dozadu nebo rozmáchnuty k sobě. Není jisté, k čemu přesně to bylo linhevenatorovi dobré: ačkoli jsou troodontidi většinou považováni za predátory, několik autorů navrhlo, že jejich chrup s řídce rozmístěnými zuby opatřenými hrubým zoubkováním mohl být vhodný spíš ke zpracovávání rostlinné potravy (Zanno et al. 2009). Dávalo by to smysl, jelikož přinejmenším bazální troodontid Jinfengopteryx zřejmě býložravý byl (Zanno & Makovicky 2010 – těm zas ale vyšli odvození troodontidi jako dravci). Linhevenator se tedy mohl silnýma rukama zmocnit kořisti stejně dobře, jako s jejich pomocí mohl šplhat nebo hrabat; ať už s nimi ale dělal cokoli, něco jistě ano – na rozdíl od jeho dromeosauridního krátkorukého protějšku, austroraptora, který měl zkrácený nejen pažní kost, ale i deltopektorální hřeben.

Pozice talose (vlevo) a linhevenatora (vpravo) mezi troodontidy. Levý kladogram je striktním konsenzem 6 nejúspornějších stromků a založen je na rozšířené a opravené verzi matrice, kterou Norell et al. (2000) sestavili pro popis byronosaura a která se zaměřuje speciálně na troodontidy; ten pravý zobrazuje striktní konsenzus 12 nejúspornějších stromů a zachycuje výřez z analýzy TWG matrice, konkrétně její verze z roku 2008. Ve stromku nalevo je černě vyznačena Bremerova a modře bootstrapová podpora. (Modifikováno ze Zanno et al. 2011: Figure 15 a Xu et al. 2011: Figure 7)

Striktní konsenzus 5132 nejúspornějších stromů, vzešlých z fylogenetické analýzy založené na TWG matrici. Všimněme si rozdrobené báze deinonychosaurů a podivného sesterského vztahu mezi archeopterygem a jeholornisem. (Zdroj: Prieto-Márquez et al. 2011: Figure 13)

    Nového deinonychosaura popisují i Prieto-Márquez s kolektivem, jelikož ale fosiliím z mongolského souvrství Öösh neudělují žádné nové jméno, nic o něm psát nebudu. Dobrovolně se přiznám, že z jejich studie mě nejvíc zaujal kladogram, který jsem přetiskl výše. V něm došlo k rozpadu monofyletických dromeosauridů, takže troodontidi a klad (Dromaeosaurus + Velociraptor) formují masivní polytomii s mikroraptoriny, mahakalou, novým deinonychosaurem a jednotlivými "unenlagiiny". Ještě pozoruhodnější je klad, který vznikl u báze Avialae: Archaeopteryx + Jeholornis. Zatím měl Jeholornis vždycky blíž k žijícím ptákům než Archaeopteryx, a dokonce i poté, co byl "prapták" přetažen mezi deinonychosaury (Xu et al. 2011), Jeholornis poctivě zůstal v Avialae. Zdá se tedy, že k dosavadním hypotézám (Archaeopteryx jako bazální paravian, Archaeopteryx jako deinonychosaur, Archaeopteryx jako sesterská skupina ke kladu [Jeholornis + vrabec]) teď musíme připočítat ještě čtvrtou.

    Zajímavý vhled do evoluce ptačí trávicí soustavy nabízejí Zheng a kolektiv. Dnešní semenožraví ptáci mají ke zpracovávání své potravy rafinované nástroje: jednak je to vole, kapsa na spodní straně jícnu, do které si mohou semena uložit "na později", jednak jsou to dva žaludky. Ten první, žláznatý (proventikul), tvrdá semena chemicky předzpracuje, ten druhý, svalnatý (ventrikul, angl. "gizzard"), proces dokončí mechanicky. Řada ptáků svému svalnatému žaludku vypomáhá spolykanými kameny, tzv. gastrolity, které semena rozemelou. Užívání gastrolitů často koreluje s přítomností velkého volete a obojí lze rozpoznat i u fosilií: po voleti třeba u fosilií zbyde hromádka semen před vidličnou kostí (furkulou).
    Dosud ovšem taková hromádka překvapivě nebyla zaznamenána od žádného z mnoha čínských spodnokřídových ptáků – že by mezi nimi žádní semenožravci nebyli? Zheng et al. nyní ukazují, že to není pravda: našli jednoznačné známky přítomnosti volete u dvou ze zhruba stovky exemplářů sapeornise, bazálního zástupce krátkoocasých (Avebrevicauda Paul 2002), a jednoho z více než dvou tuctů jedinců hongshanornise, raného euornita (Euornithes = všichni ptáci blíž příbuzní vrabci než protiptákům). Někdy je dokonce vidět nejen inkriminovaná hromádka, ale i obrysy volete, které silně připomíná žijící ptáky. Vzhledem k tomu, že mezi sapeornisem a hongshanornisem stojí na kladogramu spousta taxonů, od nichž žádné důkazy o přítomnosti volete nemáme, zdá se, že jej oba ptáci vyvinuli nezávisle na sobě coby adaptaci pro pojídání semen. Původ volete samozřejmě nemusel přímočarý: jak připomněl Zhou Zhonghe, touto strukturou disponují i dravci (např. jestřábi) a kolibříci, živící se nektarem; nějakou roli zde ale semenožravost zřejmě přece jen hrála. Granivorie také mohla stát za redukcí zubů, ke které v ptačí evoluci došlo několikrát nezávisle na sobě. U sapeornise sice ještě zas tak daleko nepokročila, ale Hongshanornis už neměl zuby žádné, v čemž je mezi bazálními euornity spíše výjimkou: většina z nich se živila rybami a chrup tedy měla vyvinutý dobře.

    Jako další bych zmínil dvě nové studie o proslulých hrůzoptácích (Phorusrhacidae). Tito draví ptáci byli z žijících ptáků nejblíže příbuzní seriemám, ale co se způsobu života týče, lze je považovat za kenozoické nástupce neptačích teropodů. Federico Degrange se už v souvislosti s touto skupinou jednou na blog dostal – tehdy šlo o andalgalornise, zatímco v jeho nové práci, otištěné v Journal of Vertebrate Paleontology (Degrange & Tambussi 2011), je předmětem zájmu taxon Psilopterus lemoinei. Ten může být s hmotností 8 až 9 kg označen za hrůzného jen s velmi velkým přemáháním; stále však jde o největšího zástupce taxonu Psilopterus, kam patří ještě 3 další "hrůzoptáci".
    Nová studie popisuje výborně zachovanou přední část lebky tohoto taxonu, odkrytou nedávno z pozdních raně-miocénských vrstev argentinské lokality Killik Aite Norte, spadající pod souvrství Santa Cruz. Degrange a Tambussi nyní prezentují její podrobný morfologický rozbor. V něm mj. vůbec poprvé ukazují, že zobák forusracidů byl podobně jako třeba u recentních tukanů dutý a zpevněný spoustou tenkých kostěných trámců. Autoři také identifikují morfologické rysy, které stojí za akinetickou (nepohyblivou) lebkou forusracidů, která je, pokud vím, v rámci ptačího korunního kladu poměrně unikátní. Jak jsem napsal v článku o andalgalornisovi, je kineze u většiny ptáků umožněna třemi "zónami ohybu" (zonae flexoriae). Forusracidi postrádají dvě z nich; na jejich místě mají rigidní, nepohyblivé spoje: jednak jde o ohybnou zónu na jařmovém oblouku (mezi horní částí zobáku a příčkou kosti jařmové, která – díky ztrátě kontaktu s kostí zaočnicovou – funguje coby rozpěrka mezi čtvercovou kostí a rostrem), díky níž mohou ptáci pohybovat horní čelistí vůči mozkovně; jednak o zónu ohybu mezi horní částí zobáku a premaxillárním výběžkem kosti patrové. Degrange a Tambussi také objasňují homologie mezi elementy ohraničujícími kostěný otvor pro nozdry a předočnicové okno, což může mít význam jak pro výzkum funkční morfologie, tak pro fylogenetiku. Autoři také navrhují jméno Cariamiformes pro klad tvořený forusracidy a seriemami. Takový návrh není zcela nový (jméno používali už Verheyen a Brodkorb, a v roce 2007 bylo navrženo "povýšení" seriem na úroveň "řádu" Jihoamerické komisi pro klasifikaci [SACC]), ale v posledních letech se stal čím dál tím naléhavější vzhledem k tomu, že tradiční "řád" krátkokřídlých se rozpadl na pět až šest zcela nesouvisejících monofylů (Ericson et al. 2006; Hackett et al. 2008). Seriemy a jejich příbuzní, nyní tedy Cariamiformes, jsou s velkou pravděpodobností sesterskou skupinou kladu Eufalconimorphae (sokolovití + [papoušci + pěvci]).
    Mourer-Chauviré a spol. popisují nový forusracidní taxon Lavocatavis africana, jehož holotyp – tvořený pouze pravou stehenní kostí – byl odkryt z vrstev alžírského souvrství Glib Zegdou, datovaných do pozdně-raného nebo raně-středního eocénu (tj. zhruba 50 milionů let zpátky). Jedinečná kombinace znaků jej řadí mezi forusracidy, což autoři sice neotestovali fylogenetickou analýzou, ale aspoň podpořili výčtem rozdílů oproti jiným velkým nelétavým ptákům, jako byli Gargantuavis, fosilní paleognáti, gastornitidi nebo mihirungové (Dromornithidae, jinak taky "démonické kachny zkázy"). Z obvodu kosti byla vypočítána hmotnost asi 32 až 50 kg, což silně naznačuje nelétavost: ani nejtěžší známí létaví ptáci zřejmě nepřekračovali 29 kg (Mayr & Rubilar-Rogers 2010). Rozhodnutí vztyčit nový taxon autoři ospravedlňují docela slabě: poměr mezi průměrem hlavice a délkou femuru je menší než u dosud známých forusracidů. Mourer-Chauviré se také snaží lavokatavise umístit v rámci forusracidů přesněji. Od psilopterinů, kterými se zabývali Degrange a Tambussi (a z nichž se femur dochoval od psiloptera a prokariamy), jej odlišuje plošší zadní strana kosti; od mesembriornitinů, středně velkých forusracidů s protáhlým běhákem, zase štíhlejší a protáhlejší tvar femuru. Autoři se příliš nevyjadřují k brontornitinům a forusracinům, zaznamenávají ale celou řadu podobností s kladem Patagornithinae, jenž zahrnuje forusracidy střední velikosti (mezi nimi i výše zmíněný Andalagalornis), známé ovšem teprve z oligocénu. Místo ověření fylogenetickou analýzou radši autoři dali lavokatavisovi jeho vlastní "čeleď" v rámci (zcela zbytečné) "nadčeledi" Phororhacoidea.
    Nový materiál je tak zajímavý hlavně z biogeografického hlediska: dosud se zdálo, že forusracidi během své dlouhé evoluční historie, která mimochodem skončila teprve před 18 000 lety (Alvarenga et al. 2010), osídlili pouze Antarktidu, Jižní Ameriku a – po vzniku Panamské šíje – Severní Ameriku. Nález z Afriky je zcela nový. Buď tedy forusracidi vznikli dříve, než se rozpadla Gondwana, nebo se do Afriky dostali přes oceán či Laurasii. První varianta je extrémně nepravděpodobná: k rozpadu Gondwany došlo ke konci spodní křídy, zatímco divergence mezi seriemami a jejich nejbližšími žijícími příbuznými je podle molekulárních hodin kenozoická (Ericson et al. 2006; komplikováno faktem, že v této studii byly seriemy sesterským taxonem sokolovitých, nikoli eufalkonimorfů). I ve fosilním záznamu se forusracidi objevují až v pozdním paleocénu, ponecháme-li stranou femur blíže neurčeného zástupce seriemí kmenové linie z maastrichtu antarktického ostrova Vega (Case et al. 2006). Disperze přes kontinenty bývalé Laurasie je rovněž vyloučena; jinak aspoň nelze vysvětlit, proč se nám z jinak bohatých ornitofaun severní polokoule žádné forusracidí fosilie nedochovaly. Autoři se tedy přiklánějí k hypotéze disperze skrze Atlantický oceán. Je možné, že jej drobní psilopterini, kteří podle některých autorů pořád ještě dokázali létat (Tambussi & Noriega 1996), prostě přeletěli a jejich druhotně nelétavý africký potomek Lavocatavis konvergentně vyvinul femorální morfologii podobnou patagornitinům. Nebo se sem lavokatavisovi předci dostali už nelétaví – ale jak? Podle Mourer-Chauviréové a spol. buď mohli přehopsat přes nějaký řetězec ostrovů, nebo využít "rafty": plovoucí ostrovy vegetace, o nichž je známo, že je občas mořské proudy zavezou stovky kilometrů od pobřeží i s případnými zvířecími pasažéry (byli na nich zaznamenáni leguáni a hadi, ale také pumy a opice).
    Disperze pomocí transoceánských raftů je dokonce hlavním tématem další práce, jejímž vedoucím autorem je paleornitolog Gerald Mayr a na níž se opět podílela Mourer-Chauviré. Ta se zabývá evolucí hoacinů (Opisthocomidae), kteří, zdá se, naopak přicestovali z Afriky do Jižní Ameriky. Toto vysvětlení je obzvlášť pozoruhodné díky tomu, že dnešní hoacini obývají vegetaci na břehu velkých řek, které by je v době záplav mohly zavézt na širé moře. Víc ale o této studii neřeknu: článek D. Naishe je jako vždy skvělý a mě nenapadá, co k němu dodat.

Stehenní kost lavokatavise, prvního afrického forusracida, při pohledu zezadu (b), šikmo zezadu (c) a zepředu (d). Uprostřed potom rekonstrukce patagornitinního forusracida andalgalornise (který se zřejmě novému africkému taxonu velmi podoba) ve srovnání s člověkem. (ca) hlavice stehenní kosti, (cf) krček, (cl) postranní kondyl, (cm) vnitřní kondyl, (csm) vnitřní suprakondylární hřeben, (ct) chocholíkový hřeben, (faa) protichocholíkový kloubící povrch, (faac) povrch pro skloubení s kyčelní jamkou, (fp) zákolenní jamka, (io) impressiones obturatoriae, (tf) kladkový kloub pro fibulu. Měřítko odpovídá (pro kosti, samozřejmě) 2 cm.

    Jinou, ale vlastně dost blízce příbuznou skupinou ptáků se zabývá tým autorů v čele s Trevorem Worthym, který se podílel i na nedávné studii přesunující archeopteryga mezi avialany. Nyní popisuje z raného miocénu Nového Zélandu nové fosilní papoušky z kladu kakapovitých (Strigopidae). Jak na DML upozornil Tim Williams, jejich jméno – Nelepsittacus – pěkně upomíná na to, že z žijících kakapovitých mají nové fosilie blíž k nestorům (Nestor) než ke kakapovi (Strigops). V řecké mytologii byl totiž Neleus synem boha moří Poseidona a otcem Nestora. V rámci nelepsittaka lze rozeznat čtyři podtaxony, z nichž Worthy a spol. tři pojmenovali: N. minimus, N. donmertoni a N. daphneleeae. Včetně čtvrtého, nepojmenovaného taxonu jsou známy z celkem 85 exemplářů, z nichž drtivá většina (60) patří N. donmertoni. Nejmenší z nich jsou velikostně srovnatelné s dnešními kakarikiy (délka kolem 25 cm), ti největší s nestorem kea (50 cm). Vzhledem k tomu, že všichni tito papoušci spadají mezi kakapovité a dokonce do jedné jejich konkrétní podskupiny, Nestorinae, ukazuje se, že se tehdejší papouščí fauna Nového Zélandu silně odlišovala od té australské, kde se tou dobou vyskytovali rozmanití kakaduovití a papouškovití. Tato odlišnost utvrzuje dosavadní předpoklad, že miocénní pozemní fauna Nového Zélandu byla silně endemická – snad v důsledku ohromných záplav v pozdním oligocénu zhruba 3 miliony let před tím, při nichž se velká část Zélandie ponořila pod vodu. Vyskytoval se i poněkud extrémní návrh, že tento kontinent se ve skutečnosti potopil celý a veškerá jeho dnešní fauna a flóra je stará něco málo přes 20 milionů let, což nové objevy nepotvrzují: daleko spíš jde o relikty z dob rozpadu Gondwany, které se musely dlouhodobě vyvíjet odděleně od svých australských příbuzných. Zélandie tedy celá pod hladinou zmizet nemohla, i největší vzestup moří v oligocénu musela část pozemní fauny přečkat a kakapovití byli mezi nimi.
    Autoři se také radují z toho, jak bohatý zdroj fylogeneticky informativních znaků představuje dokonce i omezený počet kosterních elementů: sami sice fylogenetickou analýzu neprovedli (příslušnost nelepsittaka k nestorinům založili na výčtu odvozených znaků z kosti krkavčí, pažní, tibiotarzu a běháku), ale do budoucna vidí velký potenciál. Morfologie by mohla být zvlášť užitečná v testování (a případně dalším podložení) kladů vzešlých z různých molekulárních studií, s čímž už v loni úspěšně začal Mayr (2010).

    Sesterské skupiny papoušků – čili pěvců – se týká jediná neontologická studie na dnešním seznamu. Stojí za ní Ödeen s kolektivem a zabývá se evolucí zraku.
    V ptačí sítnici najdeme čtyři druhy čípků. Ten, který registruje nejvíce krátkovlnné záření, se nazývá SWS1. Přesné rozmezí vlnových délek, na které je citlivý, se ale mezi jednotlivými pěvci liší: u jedněch dosahuje citlivost vrcholu v rozmezí 402–426 nm (takovým se říká VS, "violet sensitive", tedy citliví na fialovou barvu), u druhých v rozpětí 355–380 nm (UVS, "ultraviolet sensitive", citliví na ultrafialovou). Zdá se, že obě třídy SWS1 čípků odlišuje změna v jediné aminokyselině, která má ale rozsáhlé důsledky: přechod tím či oním směrem ovlivňuje schopnost ptáků hledat potravu a signalizovat takovým způsobem, který registrují zamýšlení příjemci (tj. jedinci téhož "druhu"), ale ne predátoři. Dosud se zdálo, že k takovým přechodům nedocházelo příliš často; v rámci moderních ptáků (Neornithes) snad jen čtyřikrát nebo pětkrát. Autoři se s tím ale nesmířili a obě třídy čípků namapovali na fylogenezi pěvců. Kladogram, s nímž pracovali a který jsem přetiskl níže, byl vytvořen metodou bayesovské inference ze sekvenčních dat, zahrnujících dva mitochondriální geny (cytochrom b, ND2) a celou řádku jaderných exonů (3. exon c-myc, RAG-1, RAG-2) i intronů (2. intron myoglobinu, 6. a 7. intron ODC, 5. intron TGFß2). Jako outgroup se autoři moudře rozhodli použít papoušky a sokolovité, kteří byli odhaleni coby blízcí příbuzní pěvců dosud největšími sekvenčními studiemi (Hackett et al. 2008; Wang et al. 2011). Všechny závěry samozřejmě závisejí na tom, zda je tento stromek správný – jelikož se ale dobře shoduje s předchozími studiemi (Jønsson et al. 2011) a používá větší množství molekulárních dat, než kterákoli z nich, považují jej autoři za dobře podloženou výchozí hypotézu. Ödeen a spol. dále osekvenovali část genu pro SWS1 opsin, který rozhoduje o tom, jaký spektrální rozsah budou příslušné čípky mít: je-li na 90. pozici serin, pták bude VS, pokud cystein, pak UVS. To jim umožnilo vystopovat, kde a kolikrát na pěvčím stromě života došlo přechodu od jednoho typu vidění k druhému.
    Nakonec takových událostí zaznamenali 6: dva z UVS na VS, dva z VS na UVS a dva, kde nelze směr přechodu přesně určit. Není totiž jasné, jaké čípky jsou pro pěvce primitivní: zda ty, co jsou citlivé na ultrafialovou (jak je tomu u papoušků), nebo ty, co registrují jen fialovou (jak je tomu u sokolů). Pokud by se zkolabovaly ty uzly u báze stromu, jejichž posteriorní pravděpodobnost je menší než 0,95, bylo by přechodů od jednoho typu k druhému dokonce 8. I tak je ale jisté, že přechodů z jednoho typu k druhému bylo více, než se původně odhadovalo: nejenže jen u pěvců jich bylo víc, než se dosud předpokládalo pro ptáky jako celek, ale malé klady překvapivě vykazují v tomto ohledu více diverzity, než ty velké. Jen v rámci modropláštníkovitých (Maluridae) zřejmě došlo ke dvěma přechodům, zatímco křikaví (Suboscines) a Passerida jsou pozoruhodně homogenní. Není také jasné, jaký selektivní tlak může k přechodu z jednoho typu na druhý vést, neboť VS i UVS čípky zaznamenáváme u taxonů žijících v podobném prostředí. Tak třeba převážně lesní křikaví Nového světa (Tyrannides) vidí jen fialovou, zatímco rovněž lesní zelenáčkovití (Vireonidae) ze stejného kontinentu přešli od VS k UVS. Ödeen a spol. uzavírají práci s tím, že spektrální citlivost SWS1 čípků se zdá být pod silným vlivem stabilizujícího výběru a její vývoj je úzce svázaný s evolucí dalších částí komplexního systému, jakým je ptačí oko.

Fylogeneze pěvců (Passeriformes), založená na bayesovské analýze více než 9 kilobází mitochondriální i jaderné DNA. Jako outgroup byli použiti dva papoušci a dva sokolovití. U uzlů jsou uvedeny posteriorní pravděpodobnosti; pravděpodobnost větší nebo rovna 0,95 je vyznačena hvězdičkou. Dlouhá větev lemčíka (Ailuroedus) byla pro přehlednost zkrácena. Fialová značí VS, černá UVS a tečky nejednoznačnou optimizaci. 1a, 1b, 2a a 2b reprezentují přechod z jednoho stavu do druhého, jehož směr však není jasný kvůli neznámému ancestrálnímu stavu. Symbol # u trávníčka (Amytornis) poukazuje na skutečnost, že sesterská skupina tohoto taxonu, v analýze nezahrnutý modropláštník (Malurus), obsahuje VS i UVS podtaxony.

    Poslední ze studií, o níž dnes napíšu, se týká tématu, kterému prostě nedokážu odolat: velkoškálové fylogeneze moderních ptáků (Neornithes). Stojí za ní již zmiňovaný paleornitolog Gerald Mayr, který se k této otázce dostal výzkumem pelagornitidů.
    Už jsem dnes citoval studii Mayra a Rubilar-Rogerse (2010), která jednoho zástupce tohoto kladu, jihoamerický taxon Pelagornis chilensis, katapultovala na pozici největšího létavého ptáka všech dob; poměrně dost jsem o ní také svého času napsal na blog. Pelagornitidi, nazývaní také "pseudozubí" nebo "kostěnozubí" ptáci, jsou bizarní skupina, charakteristická vedle ohromných rozměrů hlavně kostěnými špičkami po okrajích zobáku, nahrazujícími pravé zuby. Jde vůbec o zástupce ptačího korunního kladu (Neornithes)? Zdá se že ano, ačkoli postrádají hned 3 neornitinní odvozené znaky, které uvedli Cracraft & Clarke (2001) – nemají třeba kostěnou mandibulární symfýzu. Anatomie lebky a kotníku ale jinak docela přesvědčivě ukazuje, že jde o zástupce Neornithes a Neognathae (tj. všech moderních ptáků kromě "běžců" a tinam). Pak se naskýtá otázka, kam přesně s pseudozubými ptáky v rámci Neognathae: zda do drůbeže (Galloanserae), sjednocené mnoha morfologickými znaky, nebo mezi neoaviany (Neoaves), jejichž synapomorfie jsou převážně molekulární. V posledních letech se sice povedlo nashromáždit i několik morfologických, ale ty jsou pro fosilní materiál nepoužitelné: týkají se jednak penisu (Montgomerie & Briskie 2007), jednak prachového peří mláďat (Foth 2011 – moc se mi líbí, že Mayr tuhle studii zaregistroval; mimochodem jsem o ní na blogu taky napsal). Novinkou pro mě je, že Mayrovi (2008) se povedlo zaznamenat i jednu osteologickou apomorfii: dobře vyvinutý hřebínek na spodní straně kosti patrové.
    Dosavadní autoři (např. Olson 1985) preferovali úzký příbuzenský vztah mezi pseudozubými ptáky a "veslonohými" ("Pelecaniformes"). Problém je, že ti se nám díky molekulárním studiím rozpadli natolik, že nejde ani pořádně říct, zda jsou parafyletičtí nebo polyfyletičtí, nejbližším příbuzným pelikánů je kupř. klad složený z bývalých "brodivých", člunozobce a kladivouše (Hackett et al. 2008). Několika dalším autorům připadala pravděpodobnější příbuznost s trubkonosými, tj. recentními albatrosy a buřňáky, ale nějakou konkrétnější hypotézu nenabídli. Proto byla tak přelomová práce Bourdonové (2005), která nejen poprvé zahrnula pelagornitidy do kladistické analýzy, ale vlastně je vůbec poprvé zakreslila na kladogram. Naneštěstí její stromek nebyl vůbec důvěryhodný: že v něm pseudozubí ptáci tvořili sesterskou skupinu k vrubozobým (Anseriformes) v rámci kladu pojmenovaného "Odontoanserae" by ani tak nevadilo, jenže na něm zcela chyběla monofyletická drůbež: sesterskou žijící skupinou k vrubozobým nebyli hrabaví. Co hůř, když Bourdon (2005) donutila analýzu drůbež odkrýt, žádný z původních znaků už existenci Odontoanserae nepodporoval. Jelikož jsme si skutečně jistí, že drůbež monofyletická je – to nám v posledních 20 letech ukázaly nejen fylogenetické analýzy morfologických a sekvenčních dat, ale dokonce i DNA-DNA hybridizace –, hypotéza o sesterském vztahu k vrubozobým je fakticky mrtvá.
    Letošní analýza stejné autorky (Bourdon 2011), publikovaná v (mimochodem hodně zajímavě vypadající) knize Living Dinosaurs, vyhodila ještě méně pravděpodobný výsledek: monofyletičtí dokonce už nebyli ani neognáti; hrabaví se totiž přidružili k paleognátům ("běžcům" + tinamám") v jakési bizarní variaci na Sibleyovo a Ahlquistovo "Eoaves". Zlé jazyky by mohly podotknout, že Bourdon by se už radši do dalších fylogenetických analýz pouštět neměla (kdo ví, co by mohlo přijít příště); dobrou zprávou ovšem je, že Mayr nyní situaci napravuje. Na pomoc si bere datovou matrici čítající 107 morfologických znaků a 22 ingroup taxonů, mezi nimiž nechybí ani příslušníci kmenové linie (stem group) hrabavých (Sylviornithidae) a vrubozobých (výše zmiňovaní dromornitidi). Analýza sama tuto jejich pozici ovšem nepotvrdila: dromornitidi jsou sesterskou skupinou k celému korunnímu kladu Galloanserae, pak následují sylviornitidi, a nejbazálnějšími zástupci kmenové linie drůbeže se stali právě pelagornitidi. Tuto jejich pozici podporují dva znaky: zvláštní kloub mezi nosní a čelní kostí, tvořící nápadnou brázdu mezi zadní částí zobáku a přední částí mozkovny; a mediálně posunutý "otisk" jedné části vnějšího přitahovače dolní čelisti. Bootstrapová podpora je nevalná (64%), spolehlivé je naopak vyloučení pelagornitidů z korunního kladu drůbeže: 2 znaky sjednocují Galloanserae, 1 znak klad (Galloanserae + Dromornithidae) a 3 znaky klad (Sylviornithidae + Dromornithidae + Galloanserae). Mayr zmiňuje 5 znaků, kterými analýza podložila monofylii Neoaves, ale protože analýza neobsahovala žádné neoaviany mimo vodních ptáků (Aequornithes), podloženi vlastně byli jen oni. Zajímavá, ačkoli s celkovým tématem studie spíše nesouvisející, je silná podpora skupiny zahrnující pelikány, člunozobce a kladivouše (11 znaků, 5 unikátních; v bootstrapu se ale neudržel), která potvrzuje, že jde o jedno z nejjistějších "meziřádových" příbuzenství v rámci žijících ptáků – ironické je, že do roku 2000 se o něm vůbec nevědělo.

Srovnání lebek pseudozubých ptáků Pelagornis chilensis (A) a Dasornis emuinus (B), juvenilního pelikána hnědého (C), juvenilního kormorána velkého (D), fosilního faetona Prophaethon shrubsolei (E), dospělého kormorána velkého (F) a faetona červenozobého (G). Zkratky: (mfr) dolnočelistní brázda, (rfr) nasolabiální brázda. Měřítko je 1 cm. (Zdroj: Mayr 2011a: Figure 5)

    Mayrova dekonstrukce 14 znaků podporujících "Odontoanserae" je rovněž působivá: většina z nich se sice do současné analýzy nedostala, jinak jsou ale buď nesrozumitelné, nebo špatně kódované. Mayr několik z nich našel u tabonovitých, tj. bazálních hrabavých; jiné měly být kódovány jako polymorfické, jinde Bourdon vícestavové znaky bezdůvodně seřadila. Mayr však s autorkou souhlasí aspoň v tom, že pseudozubí ptáci nespadají do Neoaves, což dokazují nejen apomorfie sdílené s drůbeží, ale i pleziomorfie; konkrétně absence výše zmiňované jediné osteologické apomorfie Neoaves. Potíž je ale v tom, že některé z apomorfií Galloanserae (třeba dva kondyly – kloubící hrbolky – na kosti čtvercové) mohou být ve skutečnosti primitivní pro moderní ptáky; mají je i Ichthyornis a Hesperornis. Jinde (u rostropterygoidního výběžku) si analýza není jistá, zda jde o synapomorfii drůbeže nebo neognátů jako celku; zde však přichází na pomoc evo-devo, které ukazuje, že se tato struktura u drůbeže vyvíjí zcela jinak než u zbytku ptáků. Mayra víc znepokojuje absence uzavřeného švu mezi kostí čelní a temenní, který jinak najdeme u všech žijících neognátů (u drůbeže i neoavianů). Postrádají ho také někteří fosilní paleognáti (Lithornithidae a Palaeotis) a žijící tinamy: buď otevřený šev všechny tyto skupiny vyvinuly druhotně, nebo jde o pleziomorfický rys. Druhá možnost by naznačovala, že pseudozubí ptáci nepatřili do korunního kladu neognátů.
    Klíčem k fylogenetickému postavení pelagornitidů by nakonec mohl být jejich nejtypičtější rys, totiž pseudozuby. Mayr & Rubilar-Rogers (2010) navrhli, že by na molekulární úrovni mohly být homologické s pravými zuby – geny regulující jejich vývoj by byly stejné, jen by používaly jiný materiál (kostěné okraje zobáku). Pak je ovšem otázkou, proč něco podobného nevidíme u ptáků častěji. Jediný taxon, který disponuje něčím aspoň trochu podobným, je Thambetochen xanion, huse podobná kachna, která žila na Havaji ještě pár tisíc let zpátky. Mayr spekuluje, že lebka drůbeže disponuje čímsi – snad specifickým čelistním kloubem – který vznik podobných výběžků podporuje.

    V souvislosti s touto studií si dovolím malé osobní doznání. Na G. Mayrovi mě fascinují dvě věci: jeho produktivita (jen v Livezeyově a Zusiho fylogenetické studii je citováno neuvěřitelných 57 publikací, jejichž je jediným autorem či aspoň prvním spoluautorem) a to, jak čtivé jeho práce jsou. Autorova fylogenetická studie z letošního roku (Mayr 2011b) připomíná napínavou detektivku a četl jsem ji se zatajeným dechem, ale nevím, možná jsem jenom úchylný. Opravdu divné je ale to, že Mayr je čtivý pořád stejně bez ohledu na to, co píše; v jeho pracích se čtou zlehka třeba i suché výčty podpůrných znaků, což jsem zatím nikde jinde neviděl.


Degrange FJ, Tambussi CP 2011 Re-examination of Psilopterus lemoinei (Aves, Phorusrhacidae), a late early Miocene little terror bird from Patagonia (Argentina). J Vert Paleont 31(5): 1080–92

Psilopterus lemoinei, the largest species in this genus, was a small terror bird weighing 8–9 kg, and was a ground bird with functionally tridactyl feet. New remains of this phorusrhacid, including an exceptionally preserved anterior part of a skull recovered from the Patagonian Killik Aike Norte locality (Santa Cruz Formation, late early Miocene), is now available for study. The main purpose of this paper is to provide a detailed morphological description of Psilopterus lemoinei. The new fossils show for the first time that the internal structure of the beak is hollow and reinforced with thin-walled trabeculae. The absence of zona flexoria palatina and zona flexoria arcus jugalis are key features related to the evolution of cranial akinesis. Homologies of the narial and fenestra antorbitalis boundaries have been clarified. Our re-examination allows the establishment of primary osteological homologies useful in comparative anatomy, functional morphology, and phylogenetic studies.

Dyke G, Xia Wang, & Kaiser G 2011 Large fossil birds from a Late Cretaceous marine turbidite sequence on Hornby Island (British Columbia). Can J Earth Sci doi:10.1139/e11-050

Few fossil birds and non-avian dinosaurs are known from Mesozoic sediments bordering the eastern margin of the Pacific Ocean. Here, we describe additional remains of Late Cretaceous birds from a deep-water marine turbidite sequence of the Northumberland Formation exposed on Hornby Island, British Columbia. The bones described here are referable (based on hypothesized autapomorphies) to the Cretaceous avian lineages Enantiornithes and Ornithurae and fall into at least two size classes within either lineage. This suggests the presence of multiple taxa occurring within the Northumberland Formation.

Fritz J, Kienzle E, Hummel J, Wings O, Streich WJ, Clauss M 2011 Gizzard vs. teeth, it's a tie: food-processing efficiency in herbivorous birds and mammals and implications for dinosaur feeding strategies. Paleobiol 37(4): 577–86

Particle size reduction is a primary means of improving efficiency in herbivores. The mode of food particle size reduction is one of the main differences between herbivorous birds (gizzard) and mammals (teeth). For a quantitative comparison of the efficiency of food comminution, we investigated mean fecal particle sizes (MPS) in 14 herbivorous bird species and compared these with a data set of 111 non-ruminant herbivorous mammal species. In general MPS increased with body mass, but there was no significant difference between birds and mammals, suggesting a comparable efficiency of food processing by gizzards and chewing teeth. The results lead to the intriguing question of why gizzard systems have evolved comparatively rarely among amniote herbivores. Advantages linked to one of the two food comminution systems must, however, be sought in different effects other than size reduction itself. In paleoecological scenarios, the evolution of "dental batteries," for example in ornithopod dinosaurs, should be considered an advantage compared to absence of mastication, but not compared to gizzard-based herbivory.

Li Y, Zhang Y-G, Zhou Z-H, Li Z-H, Liu D, Wang X-L 2011 New material of Gansus and a discussion on its habit. Vert PalAs 49(4): 435–45

Some newly discovered postcranial material of Gansus yumenensis are described, adding to our understanding of the skeletal anatomy of this basal ornithurine. Such anatomical features include a laterally exposed sternum with a sickle-shaped keel, the ulnare with small metacarpal
incision, complete loss of ungual of the minor digit, and manual phalangeal formula of "2-3-1", as well as some more detailed features of the leg bones. The new material not only provided additional evidence of interdigital web but also preserved some scale-like skin impressions near
the joint between the tibiotarsus and tarsometatarsus. A statistic analysis of the measurements of the sternum and major elements of the leg of Gansus further supports the hypothesis that this bird was a volant and diving bird, similar to that of extant ducks.

Mayr G 2011a Cenozoic mystery birds – on the phylogenetic affinities of bony-toothed birds (Pelagornithidae). Zool Scr doi:10.1111/j.1463-6409.2011.00484.x

The extinct Cenozoic bony-toothed birds (Pelagornithidae) are characterized by the occurrence of unique spiky projections of the osseous jaws and are among the most distinctive neornithine taxa. Earlier authors considered these marine birds to be most closely related to ‘Pelecaniformes’ or Procellariiformes, but recent phylogenetic analyses resulted in a sister group relationship to Anseriformes. This latter hypothesis was, however, coupled with a non-monophyly of galloanserine or even neognathous birds, which is not supported by all other current analyses. The character evidence for anseriform affinities of pelagornithids is thus reassessed, and it is detailed that the alleged apomorphies cannot be upheld. Pelagornithids lack some key apomorphies of galloanserine birds, and analysis of 107 anatomical characters did not support anseriform affinities, but resulted in a sister group relationship between Pelagornithidae and Galloanseres. By retaining a monophyletic Galloanseres, this result is in better accordance with widely acknowledged hypotheses on the higher-level phylogeny of birds. The (Pelagornithidae + Galloanseres) clade received, however, only weak bootstrap support, and some characters, such as the presence of an open frontoparietal suture, may even support a position of Pelagornithidae outside crown-group Neognathae.

Mayr G, Alvarenga H, Mourer-Chauviré C 2011 Out of Africa: Fossils shed light on the origin of the hoatzin, an iconic Neotropic bird. Naturwiss doi:10.1007/s00114-011-0849-1

We describe the earliest fossils of the enigmatic avian taxon Opisthocomiformes (hoatzins) from the Oligo-Miocene (22–24 mya) of Brazil. The bones, a humerus, scapula and coracoid, closely resemble those of the extant hoatzin, Opisthocomus hoazin. The very similar osteology of the pectoral girdle in the new Brazilian fossil compared to the extant O. hoazin, in which it reflects peculiar feeding adaptations, may indicate that hoatzins had already evolved their highly specialized feeding behavior by the mid-Cenozoic. We further show that Namibiavis senutae from the early Miocene of Namibia is another, previously misclassified representative of Opisthocomiformes, which documents that the extant Neotropic distribution of hoatzins is relictual. Because of the weak flight capabilities of hoatzins, their occurrence on both sides of the South Atlantic is of particular biogeographic interest. We detail that this distribution pattern is best explained by dispersal from Africa to South America, and that Opisthocomiformes provide the first example of transatlantic rafting among birds.

McKellar RC, Chatterton BDE, Wolfe AP, Currie PJ 2011 A diverse assemblage of Late Cretaceous dinosaur and bird feathers from Canadian amber. Science 333(6049): 1619–22

The fossil record of early feathers has relied on carbonized compressions that lack fine structural detail. Specimens in amber are preserved in greater detail, but they are rare. Late Cretaceous coal-rich strata from western Canada provide the richest and most diverse Mesozoic feather assemblage yet reported from amber. The fossils include primitive structures closely matching the protofeathers of nonavian dinosaurs, offering new insights into their structure and function. Additional derived morphologies confirm that plumage specialized for flight and underwater diving had evolved in Late Cretaceous birds. Because amber preserves feather structure and pigmentation in unmatched detail, these fossils provide novel insights regarding feather evolution.

Mourer-Chauviré C, Tabuce R, Mahboubi M, Adaci M, Bensalah M 2011 A Phororhacoid bird from the Eocene of Africa. Naturwiss doi: 10.1007/s00114-011-0829-5

The bird fossil record is globally scarce in Africa. The early Tertiary evolution of terrestrial birds is virtually unknown in that continent. Here, we report on a femur of a large terrestrial new genus discovered from the early or early middle Eocene (between ~52 and 46 Ma) of south-western Algeria. This femur shows all the morphological features of the Phororhacoidea, the so-called Terror Birds. Most of the phororhacoids were indeed large, or even gigantic, flightless predators or scavengers with no close modern analogs. It is likely that this extinct group originated in South America, where they are known from the late Paleocene to the late Pleistocene (~59 to 0.01 Ma). The presence of a phororhacoid bird in Africa cannot be explained by a vicariant mechanism because these birds first appeared in South America well after the onset of the mid-Cretaceous Gondwana break up (~100 million years old). Here, we propose two hypotheses to account for this occurrence, either an early dispersal of small members of this group, which were still able of a limited flight, or a transoceanic migration of flightless birds from South America to Africa during the Paleocene or earliest Eocene. Paleogeographic reconstructions of the South Atlantic Ocean suggest the existence of several islands of considerable size between South America and Africa during the early Tertiary, which could have helped a transatlantic dispersal of phororhacoids.

Ödeen A, Håstad O, Alström P 2011 Evolution of ultraviolet vision in the largest avian radiation – the passerines. BMC Evol Biol 11:313

Interspecific variation in avian colour vision falls into two discrete classes: violet sensitive (VS) and ultraviolet sensitive (UVS). They are characterised by the spectral sensitivity of the most shortwave sensitive of the four single cones, the SWS1, which is seemingly under direct control of as little as one amino acid substitution in the cone opsin protein. Changes in spectral sensitivity of the SWS1 are ecologically important, as they affect the abilities of birds to accurately assess potential mates, find food and minimise visibility of social signals to predators. Still, available data have indicated that shifts between classes are rare, with only four to five independent acquisitions of UV sensitivity in avian evolution.
We have classified a large sample of passeriform species as VS or UVS from genomic DNA and mapped the evolution of this character on a passerine phylogeny inferred from published molecular sequence data. Sequencing a small gene fragment has allowed us to trace the trait changing from one stable state to another through the radiation of the passeriform birds. Their ancestor is hypothesised to be UVS. In the subsequent radiation, colour vision changed between UVS and VS at least eight times.
The phylogenetic distribution of SWS1 cone opsin types in Passeriformes reveals a much higher degree of complexity in avian colour vision evolution than what was previously indicated from the limited data available. Clades with variation in the colour vision system are nested among clades with a seemingly stable VS or UVS state, providing a rare opportunity to understand how an ecologically important trait under simple genetic control may co-evolve with, and be stabilised by, associated traits in a character complex.

Persons W, Currie PJ, Norell MA 2011 Shake your tail feathers: the flamboyant, athletic, and possibly flirtatious caudal morphology of oviraptorosaurs. Society of Vertebrate Paleontology, 71st Annual Meeting, November 2–5 2011, Abstract No. 50

A short series of fused posterior caudal vertebrae, tentatively indentifed as a pygostyle, has been previously described in the oviraptorosaurs Nomingia and Similicaudipteryx. Two additional oviraptorid specimens from Mongolia, plus a second Nomingia specimen with a pygostyle, confrms the conclusion that the original was not simply an injury or some other osteological aberration. These new fnds show that pygostyles and, by associational inference, tail-tip feather-fans were widespread amongst both advanced and primitive oviraptorosaurs. In addition to pygostyles, oviraptorosaur caudal osteology is unique among theropods and is characterized by a distal transition point, exceptionally wide caudal ribs, and anteroposteriorly short centra. The results of a morphological study indicate a high degree of fexibility across the pre-pygostyle caudal vertebral series. New three-dimensional digital muscle reconstruction techniques reveal that, while oviraptorosaur tails were reduced in length relative to the tails of other theropods, they were more muscular. Critically, the relative size of the M. caudofemoralis was maintained in oviraptorosaurs, despite overall caudal length reduction. Similarities between the tails of oviraptorosaurs and birds appear to be convergent and, contrary to previous assertions, provide no evidence that supports the phylogenetic placement of oviraptorosaurs within, or as a sister group to, the Avialae. Combined, these results indicate that oviraptorosaurs had the necessary anatomy to dexterously faunt their caudal plumage, and that the tails of oviraptorosaurs were uniquely adapted to serve as dynamic intraspecifc display structures.

Prieto-Márquez A, Minjin B, Horner JR 2011 A diminutive deinonychosaur (Dinosauria: Theropoda) from the Early Cretaceous of Öösh (Övörkhangai, Mongolia). Alcheringa doi:10.1080/03115518.2011.590401

We describe a new specimen of small maniraptoran theropod from the Early Cretaceous Öösh locality, Övörkhangai province, central Mongolia. This exemplar ISMD-VP09 preserves a maxillary fragment, two teeth and partial appendicular elements. The strict consensus of a parsimony analysis of 68 coelurosaur taxa places this theropod within Deinonychosauria with an unresolved relationship with the other members of the clade. Support for this clade was based on two unambiguous synapomorphies: maxillary dentition with at least some teeth lacking denticles anteriorly, and ungual and penultimate pedal phalanx II highly modified for hyperextension, with ungual II being more strongly curved and substantially larger than that of digit III. The finding of a new small theropod specimen in the Öösh Formation adds to the deinonychosaur fossil record from the same beds, until now restricted to the dromaeosaurid Shanag ashile.

Worthy TH, Tennyson AJD, Scofield RP 2011 An early Miocene diversity of parrots (Aves, Strigopidae, Nestorinae) from New Zealand. J Vert Paleont 31(5): 1102–16

A new genus and three species of parrot (Psittaciformes, Strigopidae, Nestorinae) are described from the early Miocene (19–16 Ma) St Bathans Fauna of Otago, New Zealand, based on 85 fossils as follows: Nelepsittacus minimus (17), N. donmertoni (60), and N. daphneleeae (6), with two additional fossils representing a fourth unnamed taxon. These taxa range from small parrots approximately the size of Cyanoramphus species to one as large as the living Nestor notabilis. Apomorphies in the coracoid, humerus, tibiotarsus, and tarsometatarsus ally Nelepsittacus with Nestor and exclude a close relationship with Strigops, the other endemic genus assumed to have had a long history in New Zealand. With only nestorine parrots represented, the St Bathans Fauna has nothing in common with the Australian psittaciform fauna, in which cacatuids and a diversity of psittacid genera exist. These data add to the growing body of evidence that the New Zealand terrestrial vertebrate fauna, at a time minimally 3 Ma after the maximal marine inundation of Zealandia in the late Oligocene, was highly endemic, with no close relationship to the closest faunas in Australia. This high degree of endemism strongly suggests that the Zealandian terrestrial biota persisted, at least in part, through the Oligocene highstand in sea level.

Xu X, Tan Q-W, Sullivan C, Han F-L, Xiao D 2011 A short-armed troodontid dinosaur from the Upper Cretaceous of Inner Mongolia and its implications for troodontid evolution. PLoS ONE 6(9): e22916

The Troodontidae represents one of the most bird-like theropod groups and plays an important role in our understanding of avian origins. Although troodontids have been known for over 150 years, few known derived troodontid specimens preserve significant portions of both the forelimb and the hindlimb.
Here, we report a new troodontid taxon, Linhevenator tani gen. et sp. nov., based on a partial, semi-articulated skeleton recovered from the Upper Cretaceous Wulansuhai Formation of Wulatehouqi, Inner Mongolia, China. L. tani has an unusual combination of primitive and derived character states, though our phylogenetic analysis places it in a derived clade within the Troodontidae. As a derived taxon, L. tani has a dromaeosaurid-like pedal digit II, and this species also possesses a humerus that is proportionally much shorter and more robust than those of most other troodontids.
The combination of features present in Linhevenator indicates a complex pattern of character evolution within the Troodontidae. In particular, the discovery of Linhevenator suggests that derived troodontids have independently evolved a highly specialized pedal digit II and have significantly shortened the forelimb over the course of their evolution.

Zanno LE, Varricchio DJ, O'Connor PM, Titus AL, Knell MJ 2011 A new troodontid theropod, Talos sampsoni gen. et sp. nov., from the Upper Cretaceous Western Interior Basin of North America. PLoS ONE 6(9): e24487

Troodontids are a predominantly small-bodied group of feathered theropod dinosaurs notable for their close evolutionary relationship with Avialae. Despite a diverse Asian representation with remarkable growth in recent years, the North American record of the clade remains poor, with only one controversial species—Troodon formosus—presently known from substantial skeletal remains.
Here we report a gracile new troodontid theropod—Talos sampsoni gen. et sp. nov.—from the Upper Cretaceous Kaiparowits Formation, Utah, USA, representing one of the most complete troodontid skeletons described from North America to date. Histological assessment of the holotype specimen indicates that the adult body size of Talos was notably smaller than that of the contemporary genus Troodon. Phylogenetic analysis recovers Talos as a member of a derived, latest Cretaceous subclade, minimally containing Troodon, Saurornithoides, and Zanabazar. MicroCT scans reveal extreme pathological remodeling on pedal phalanx II-1 of the holotype specimen likely resulting from physical trauma and subsequent infectious processes.
Talos sampsoni adds to the singularity of the Kaiparowits Formation dinosaur fauna, which is represented by at least 10 previously unrecognized species including the recently named ceratopsids Utahceratops and Kosmoceratops, the hadrosaurine Gryposaurus monumentensis, the tyrannosaurid Teratophoneus, and the oviraptorosaurian Hagryphus. The presence of a distinct troodontid taxon in the Kaiparowits Formation supports the hypothesis that late Campanian dinosaurs of the Western Interior Basin exhibited restricted geographic ranges and suggests that the taxonomic diversity of Late Cretaceous troodontids from North America is currently underestimated. An apparent traumatic injury to the foot of Talos with evidence of subsequent healing sheds new light on the paleobiology of deinonychosaurians by bolstering functional interpretations of prey grappling and/or intraspecific combat for the second pedal digit, and supporting trackway evidence indicating a minimal role in weight bearing.

Zheng X-T, Martin LD, Thou Z-H, Burnham DA, Zhang F-C, Miao D-S 2011 Fossil evidence of avian crops from the Early Cretaceous of China. Proc Natl Acad Sci USA 108(38): 15904–7

The crop is characteristic of seed-eating birds today, yet little is known about its early history despite remarkable discoveries of many Mesozoic seed-eating birds in the past decade. Here we report the discovery of some early fossil evidence for the presence of a crop in birds. Two Early Cretaceous birds, the basal ornithurine Hongshanornis and a basal avian Sapeornis, demonstrate that an essentially modern avian digestive system formed early in avian evolution. The discovery of a crop in two phylogenetically remote lineages of Early Cretaceous birds and its absence in most intervening forms indicates that it was independently acquired as a specialized seed-eating adaptation. Finally, the reduction or loss of teeth in the forms showing seed-filled crops suggests that granivory was possibly one of the factors that resulted in the reduction of teeth in early birds.

Zdroje:

Bayes a likelihood podnikají invazi do dinosauří paleontologie a vracejí archeopterygovi status praptáka

    Rok 2011 má nakonec slušnou šanci být rokem archeopteryga. Krom čistě symbolického významu, které má 150. výročí jeho popisu, došlo k objevu jedenáctého exempláře (viz fotografii níže v článku, kterou jsem si nemohl odpustit) a Xu et al. (2011) rozpoutali fylogenetickou válku, když slavného "praptáka" odkryli jako primitivního příslušníka "raptoří" linie deinonychosaurů. Teď přichází odveta.

1. Archaeopteryx: první pták, nebo vzdálený příbuzný?

    (Jsou některé věci, které mě baví – nebo mi aspoň nevadí – opakovat. Psaní o měnících se názorech na původ ptáků patří mezi ně, ale čtenářům předchozího článku o xiaotingii [pokud nějací existují – je pořád těžké tomu uvěřit] bych doporučil následujících 6 odstavců přeskočit; nic moc nového tam není.)

    Přestože Archaeopteryx bývá označován za "praptáka" (Urvogel) a ideální mezičlánek mezi dinosaury a ptáky, v 80. letech ho zasáhla těžká krize. Johna Ostrom z něj v podstatě udělal řadového malého dinosaura, pro jehož exkluzivní spojitost s žijícími ptáky mluvily už jen dva znaky: furkula, tj. srostlé klíční kosti, a peří (Ostrom 1985). I ty už ale byly do značné míry zdiskreditované: vidličnou kost nahlásil Barsbold (1983) od oviraptoridů, kteří se ptákům mimořádně podobají i v jiných ohledech; a Thulborn (1984) ji našel i u allosaura a albertosaura, kde se to vskutku nečekalo. Začaly se objevovat názory, že chybějící peří u těch skupin, které se ptákům podobaly nejvíce (oviraptoridi, dromeosauridi, troodontidi), odráží spíš nepříznivé podmínky fosilizace než skutečný stav, a že tito drobní teropodi nejenže mají právě tolik ptačích znaků, jako Archaeopteryx, ale že by jich mohli mít i více. Paul (1984) našel 10 znaků, které najdeme u dromeosauridů i moderních ptáků, ale ne u archeopteryga; a dokonce 13 rysů, které vykazují troodontidi (v Paulově pojetí omezení na taxon Saurornithoides) a moderní ptáci, ale Archaeopteryx ani dromeosauridi ne. U oviraptoridů a ornitomimosaurů ("strutiomimidů") si autor tak jistý nebyl, ale minimálně oviraptoridi podle něj stále měli k žijícím opeřencům blíž než bavorský prapták.
    Zatímco Paul nepředstavil nic víc, než ručně nakreslený stromek se seznamem znaků pro každý uzel (aniž by otestoval, zda je jeho interpretace těchto znaků skutečně ta nejlepší), již zmiňovaný Thulborn (1984) přišel s regulérní kladistickou analýzou. Často a rád na blogu cituji jeho poněkud šílený, ale neodolatelně přitažlivý závěr, že Tyrannosaurus měl fylogeneticky blíž k moderním ptákům než Archaeopteryx. V tomhle byl jeho rozbor vůbec anomální: sice potvrdil základní Ostromovu myšlenku, že ptáci jsou hluboce usazení v rámci teropodních dinosaurů, ale dromeosauridy, kteří k ní Ostroma inspirovali, oddělil od ptáků dosti širokou mezerou (do níž se vešel i Tyrannosaurus). Znaků, které podporovaly takto širokou mezeru mezi archeopterygem a dromeosauridy na jedné straně a moderními ptáky na straně druhé, nebylo mnoho a pozdější studie je přebily mnoha jinými, které naopak svědčily o vzájemné blízkosti všech tří taxonů (Gauthier 1986). I tak ale Thulbornova studie pěkně ilustruje, jakou radikální změnou procházelo nazírání na archeopteryga v 80. letech.

    Ve stejné době Kurzanov (1987) smazal archeopterygovu výjimečnost v dalším ohledu, když od drobného mongolského teropoda Avimimus portentosus nahlásil ulnární papily – tzv. "quill knobs", kterými se na loketní kost připojují brky sekundárních letek. Avimimus se tak stal vůbec prvním opeřeným dinosaurem, který předešel slavného sinosauropteryga o plných 9 let. Objev však z nějakého důvodu zapadl: možná proto, že Kurzanovova monografie byla psaná rusky, možná proto, že některé hlasy označovaly avimima za regulérního ptáka (Molnar & Archer 1984). Kurzanov s tím nesouhlasil, ale tomu, že Avimimus má k ptákům fylogeneticky blíž než Archaeopteryx, pevně věřil. Tento názor podpořil nejen Thulborn (1984), ale i Paul (1988), který archeopteryga na svém stromku opět usadil dost daleko od pravých ptáků (jejichž nejbazálnějším zástupcem byl "Las Hoyas bird", tedy Iberomesornis – Paulovi "praví ptáci" odpovídali tomu, čemu se dnes říká Ornithothoraces), jejichž sesterským taxonem byl místo toho právě Avimimus. Dnes sice víme o spojitosti avimima s oviraptoridy, která tehdejším paleontologům unikala, ale o tom, zda má výsledná skupina k moderním ptákům blíž (Maryańska et al. 2002; Lü et al. 2005; Xu et al. 2010) nebo dál (jakákoli studie založená na TWG* matrici) než Archaeopteryx, se ještě pořád hádáme.
    V letech následujících po Gauthierově studii sice podobné divoké hypotézy vymizely a Archaeopteryx byl soustavně odkrýván jako bližší příbuzný moderních ptáků, než byli dromeosauridi, troodontidi i oviraptorosauři, ale eroze jeho statusu výjimečnosti nadále pokračovala. Sinosauropteryx a především Caudipteryx a Proarchaeopteryx definitivně vyvrátili hypotézu, že peří (buď jako takové, nebo jeho moderní podoba s ostnem a praporem) je výlučným znakem kladu spojujícího archeopteryga a moderní ptáky. Se schopností letu to vypadalo nadějněji, ačkoli se již od 70. let objevovaly argumenty, že "prapták" jí ve skutečnosti nedisponoval. Naopak na dinosauřím sympoziu konaném v roce 2000 v Gravesově muzeu se začaly ozývat hlasy, že létat možná dokázal i nový, tehdy čerstvě popsaný dromeosaurid Bambiraptor. Xu et al. (2003) se přidali s popisem bizarního čtyřkřídlého mikroraptora, který byl k nějaké formě pohybu vzduchem adaptován zcela evidentně – spíš než o aktivní let šlo asi spíš jen o plachtění, ale nic víc konec konců nezvládal ani sám Archaeopteryx. A Makovicky et al. (2005) celou sérii uzavřeli s tím, když rahonavise – o němž se až dosud předpokládalo, že má k ptákům blíž než deinonychosauři, ačkoli nepanovala shoda na tom, zda i blíž než Archaeopteryx (Chiappe [2001] tvrdil že ano, Norell et al. [2001] že ne) – odkryli coby bazálního dromeosaurida.
    Během první poloviny nultých let se tedy naše představa o deinonychosaurech, od dob Gauthiera nejnadějnějších kandidátů na status nejbližších příbuzných "pravých" ptáků (na blogu říkám ptáci i deinonychosaurům samotným), radikálně změnila. Od agilních pozemních lovců střední velikosti, kteří se zdáli tak revoluční v dobách Ostroma a Bakkera, jsme se dostali k malým, dost možná stromovým zvířatům s důkladným opeřením na předních i zadních končetinách, která často ovládala plachtění a z nichž až později vznikli populární pozemní dravci typu deinonycha či utahraptora. Archaeopteryx ale držel krok. Mayr et al. (2005) popsali desátý exemplář a poprvé potvrdili to, o čem už v 80. letech spekuloval Greg Paul: že palec na noze nebyl na rozdíl od dnešních ptáků obrácen dozadu (přinejlepším směřoval trochu k vnitřní straně nohy), zato ale druhý prst nesl "otočný" srpovitý dráp, dosud považovaný za typicky deinonychosauří. Mayrovi a spol. to vrtalo hlavou, takže provedli kladistickou analýzu, v níž byl nejbližším příbuzným "pravých" ptáků (zastoupených pouze konfuciusornisem) Microraptor, poté zbytek dromeosauridů, pak troodontidi, a až zcela nakonec Archaeopteryx. Výsledek to byl revoluční, ale setkal se i s kritikou (Corfe & Butler 2006), byť založenou spíš na nepochopení: Mayr a spol. netvrdili, že se schopnost letu u maniraptorů vyvinula dvakrát, ale že jí troodontidi a "jádro dromeosauridů" druhotně ztratili. Následující analýzy, založené hlavně na postupně doplňované a rozšiřované TWG matrici, ale novou pozici archeopteryga taky nevykryly.
    To byla pravda až do letošního roku, kdy Xu et al. (2011) popsali z Číny nového opeřeného dinosaura pod jménem Xiaotingia zhengi. Ten vykazoval zvláštní kombinaci primitivních a odvozených znaků, která nejprve spojila archeopteryga s anchiornisem, dinosaurem, který byl nejprve popsán jako "před-archeopterygní" avialan** (Xu et al. 2008) a následně přesunut mezi troodontidy (Hu et al. 2009); a poté klad tvořený oběma taxony a xiaotingií přesunul na bázi deinonychosaurů. Byť mnozí argumentovali, že zas tak překvapivý tento výsledek není – skutečně, po roce 2000 existence kladu zahrnujícího moderní ptáky a archeopteryga a zároveň vylučujícího deinonychosaury visela na vlásku –, implikace pořád byly docela revoluční. Archaeopteryx nejenže by nebyl "přímým předkem ptáků", jak stále tvrdí každá učebnice; on by nám ze striktně fylogenetického hlediska nemohl o původu "pravých ptáků" říct o nic víc, než Velociraptor nebo Deinonychus. Podpora nové pozice byla až absurdně slabá: objevila se na nejúspornějším stromku s celkem 1404 kroky, a k návratu na původní místo by stačily 2 kroky navíc. Podporovalo ji sice hned 7 znaků (jejichž výčet jsem nabídl v příslušném článku), které ale byly homoplastické (vznikly více než jednou). I tak ale nová pozice slibovala ujasnit rozložení některých paleobiologicky významných znaků.

Nový, 11. exemplář archeopteryga v celé své kráse na fotografii známého experta na tento taxon, Helmuta Tischlingera. (Zdroj: http://blogs.smithsonianmag.com/dinosaur)

2. Bayes, likelihood a neptačí dinosauři: první setkání

    Někteří si v analýze Xu'a a spol. povšimli i dalších problémů. Chybí v ní některé potenciálně relevantní taxony, jako je vůbec nejbazálnější známý dromeosaurid Mahakala (zvláštní tím, že je navzdory své pozici o dost méně ptačí, než Rahonavis nebo mikroraptorini), za archeopterygida zaměněný troodontid Jinfengopteryx apod.; v tomto místě bych vřele doporučil k přečtení kritický článek Mickeyho Mortimera, který také poukazuje na to, že seřazení všech vícestavových znaků, které Xu et al. (2011) použili, vede k návratu archeopteryga na jeho tradiční místo. Problém je v tom, že některé znaky by seřazeny být měly a jiné zase ne.

    Když se tedy Lee & Worthy (2011) rozhodli novou deinonychosauří pozici "praptáka" otestovat, mohli to prostě udělat tak, že seřadí ty znaky, které mají být seřazeny, a když už by byli v tom, mohli přidat mahakalu, pedopennu, jixiangornise a tianyuraptora – ale neudělali. Místo toho nechali dataset, který Xu'ovi a jeho kolegům vyhodil deinonychosauřího archeopteryga, zcela beze změn. Nasadili ovšem na něj zcela nové metody: nejvyšší věrohodnost (maximum likelihood, ML) a bayesovskou inferenci.
    Oba postupy jsou důvěrně známé molekulárním fylogenetikům, což je zřejmé i z článků na toto téma zde na blogu: vládne ML a Bayes, role úspornosti (parsimonie) se po roce 2000 prudce snížila. Metoda nejvyšší věrohodnosti je přitom daleko starší (Felsenstein 1973) a také diskuze o její filozofické validitě zuřily hlavně v 80. letech, opět s prominentní rolí Joe'a Felsensteina v opozici vůči "parsimonistům" z Willi Hennig Society. Její princip je založen na následující rovnici:
\begin{equation}
L(H \, | \, \mathbf{D}) \propto p(\mathbf{D} \, | \, H)
\end{equation}
[věrohodnost hypotézy $H$ v závislosti na datech $\mathbf{D}$ je úměrná pravděpodobnosti dat $\mathbf{D}$ v závislosti na hypotéze $H$]

    Nejvyšší věrohodnost tedy porovnává stromky na základě toho, jak pravděpodobné je, že bychom z daného stromku při daném evolučním modelu získali původní data. Tyto pravděpodobnosti jsou pochopitelně velice, velice malé a rozdíly mezi nimi jsou tedy ještě menší; podobnost s parsimonií nicméně spočívá v tom, že obě metody mají kritérium optimality – zde je optimální ten stromek, u něhož je (sice strašně malá, ale stejně) nejvyšší pravděpodobnost dosažení původních dat.
    Integrální částí ML je přitom evoluční model, což je souhrn předpokladů o evoluci znaků. Maximální věrohodnost lze v tomto ohledu vlastně považovat za zobecnění parsimonie: Tuffley & Steel (1997) vynalezli model zvaný "no common mechanism", při jehož použití věrohodnostní analýza vždy vyhodí stejný výsledek jako parsimonie a který je tudíž parsimonii formálně ekvivalentní. Tento model přiřazuje odlišný parametr každému znaku na každé větvi: každý znak může mutovat jinou rychlostí a jeden znak na jedné větvi může mutovat jinak rychle, než tentýž znak na větvích ostatních. Zatímco obvyklejší modely seskupují znaky do omezeného počtu rychlostních kategorií, parsimonie žádný znak nenutí vyvíjet se stejně rychle jako kterýkoli jiný. Takto podáno to zní jako výhoda, a také to za výhodu skutečně vydáváno bylo (Farris 2008). Na druhé straně tento model vlastně říká, že z evoluce jednoho znaku nelze vyčíst nic o evoluci znaku jiného (= žádný společný evoluční parametr, odtud tedy ono "no common mechanism"), což je trochu divné; a hlavně činí nadměrné množství parametrů (kterých je vždy víc než buněk v datové matrici, tedy taxonů krát znaků) parsimonii statisticky nekonzistentní. Felsenstein (1978) ukázal, že pod určitou sadou parametrů, známou od té doby jako Felsensteinova zóna, parsimonie nejenže vždy podá špatný výsledek, ale s přidáním většího množství dat jej bude čím dál tím víc potvrzovat, místo aby se blížila správné topologii. Podle některých kontroverzních studií – jako třeba Kolaczkowski & Thornton (2004), které citují ve své práci i Lee a Worthy – by si parsimonie naopak měla lépe poradit s heterotachií, kdy se postupem času rychlost evoluce znaku mění. Vyrovnat se s heterotachií přitom parsimonii umožňuje stejná věc, která ji činí náchylnou k přitahování dlouhých větví, tedy její bohatost na parametry. Dnes je parsimonie oproti ML zpravidla považována za podřadnou (Swofford et al. 2001; Felsenstein 2004).
    Příbuzná ML je bayesovská inference, která rovněž využívá věrohodnostní funkci. Apriorní pravděpodobnost $\pi(\cdot)$ fylogenetické hypotézy, která v sobě zahrnuje topologii $\tau$, vektor délek jejích větví $\beta_\tau$ a vektor parametrů evolučního modelu $\theta$, je vynásobena věrohodností $p(\mathbf{D} \, | \, \cdot)$, z čehož vyjde aposteriorní pravděpodobnost hypotézy $p(\cdot \, | \, \mathbf{D} )$:

\begin{equation} p( \tau, \beta_{\tau}, \theta \, | \, \mathbf{D}) = \frac{\pi(\tau) \, \pi(\beta_\tau) \, \pi(\theta) \, p(\mathbf{D} \, | \, \tau, \beta_{\tau}, \theta)}{\sum_\tau \int_{\beta_\tau} \int_\theta \pi(\tau) \, \pi(\beta_\tau) \, \pi(\theta) \, p(\mathbf{D} \, | \, \tau, \beta_{\tau}, \theta) \, \mathrm{d}\beta_\tau \, \mathrm{d}\theta}
\end{equation} Místo analyticky nemožného výpočtu mnoharozměrného integrálu a součtu přes efektivně nekonečný počet topologií, které jsou potřeba k tomu, aby byl součet aposteriorních pravděpodobností všech parametrů roven jedné, se používá algoritmus zvaný Markovské Monte Carlo (Markov Chain Monte Carlo, MCMC). Výsledkem je vzorek z aposteriorního rozdělení stromů, v nichž se konkrétní uzly (příbuzenství) vyskytují s určitou frekvencí, rovnou jejich aposteriorní pravděpodobnosti. Vyskytuje-li se nějaký uzel na 600 z 1000 stromků, je jeho aposteriorní pravděpodobnost 0,6. Bayesovský stromek tak v sobě má zabudované měřítko podpory, které se u parsimonie a ML musí obcházet bootstrappingem (data se rozdělí do mnoha úseků, z každého z nich se danou metodou spočítá nový stromek, na kolika stromcích se daný klad vyskytuje, taková je jeho bootstrapová podpora).

    Aplikace ML a bayesovské inference v paleontologii dlouho vázla na odlišné povaze molekulárních a morfologických znaků: model evoluce se jistě sestavuje snáze pro nukleotidové substituce než počty obratlů. Přesto by se zde obě metody hodily, jelikož přitahování dlouhých větví není v paleontologické fylogenetice o nic menší problém než v té molekulární. Časem se ale takové modely objevily: jeden sestavil Lewis (2001) a do dinosauří paleontologie se dostal poměrně brzy se studií Snivelyho a spol. (2004). Druhou studii využívající této metody představili Clarke & Middleton (2008), kteří ji využili, aby zjistili, do jaké míry odděleně probíhala u bazálních ptáků evoluce předních a zadních končetin. Autoři se přitom různým nástrahám spojeným s bayesovskou analýzou morfologických dat věnovali do značné délky: dělili dataset jednou náhodně, jednou podle anatomických regionů, porovnávali délky větví atd. Třetí bayesovskou analýzu dinosaurů, kterou se mi povedlo najít, provedl Prieto-Márquez (2010) na hadrosauridech, tím to ovšem končí. Studii, která by využívala k rekonstrukci stromku věrohodnost, se mi v dinosauří paleontologii nepodařilo nalézt vůbec.

3. Prapták znovu praptákem

Fylogram, který RAxML zrekonstruovala z TWG matrice. Podivná pozice sinraptora je zřejmě dána výběrem outgroup (viz níže). Zajímavější už je nová pozice celuridů (Coelurus + Tanycolagreus), které úpornostní analýza téhož datasetu odkryla jako primitivní tyrannosauroidy a hlavně Haplocheirus, nyní nikoli bazální alvarezsaur(o)id, ale ornitomimosaur. Daleko lepší je rozlišení v rámci oviraptorosaurů, tradičnější je také vzájemná pozice alvarezsauridů, terizinosaurů, oviraptorosaurů a eumaniraptorů (původně alvarezsauridi formovali sesterskou skupinu k polytomii tvořené třemi zbývajícími taxony, similikaudipterygem, incisivosaurem a protarcheopterygem). Autoři se samozřejmě sousedí hlavně na avialanní pozici archeopteryga, podpořenou bootstrapovou hodnotou 73%, ale i vztahy uvnitř avialanů jsou zajímavé: dlouhá větev nelétavých skanzoriopterygidů se shlukla s jeholornisem. (Zdroj: Lee & Worthy 2011: Figure 1)

    Lee & Worthy (2011) tedy celou matrixi Xu'a a spol., čítající 374 znaků a 89 taxonů, vložili nejprve do PAUPu (aby ověřili, že jiný program pro úspornostní analýzu podá stejný výsledek) a poté do RAxML pro věrohodnostní analýzu. Jako outgroup nechali allosaura (což by vysvětlovalo lehce bizarní výsledek, v němž je allosauroid Sinraptor celurosaurem; když je jeden v ingroup a druhý v outgroup, asi se s tím nedá nic dělat) a polymorfické znaky (pro které jeden taxon vykazuje více stavů) kódovali jako ?, jelikož si s nimi program nedokázal poradit; ubezpečují nicméně, že ztráta informace je zde zcela zanedbatelná. Pro bayesovskou analýzu využili program MrBayes, a když konečně měli v rukou stromky vyprodukované všemi třemi metodami, obrátili se znova na PAUP, aby zjistili, které znaky podporují ten který strom a jak moc jsou homoplastické.
    Ukázalo se, že striktní konsenzus nejúspornějších stromků nalezených pomocí PAUPu je zcela totožný s tím, který přetiskli Xu et al. (2011), a to i přesto, že místo 270 nejúspornějších stromků jich autoři odhalili celých 99 000 (a ani toto číslo nemusí být konečné). Otazníkové kódování v polymorfických buňkách se na výsledku nepodepsalo ani z hlediska topologie, ani z hlediska délky stromu, což ukazuje, že nemůže jít o příčinu odlišností mezi nejúspornějším a nejvěrohodnějším stromkem. A tam odlišnosti skutečně jsou: Xuovi "archeopterygidi v širším smyslu" se roztrhli a zatímco Archaeopteryx s wellnhoferií se vrátil zpět na bázi Avialae, Anchiornis s xiaotingií se dostal mezi troodontidy, čili tam, kde prvního z nich odkryli už Hu et al. (2009). Klad seskupující archeopteryga s odvozenějšími ptáky a současně vylučující deinonychosaury přitom ve věrohodnostní analýze obdržel podporu 73% (tj. žádná sláva, ale ucházející) a v bayesovské analýze dokonce aposteriorní pravděpodobnost 1. Tu autoři sami označují za přehnanou; že bayesovské pravděpodobnosti jsou coby měřítko jistoty poněkud nafouknuté, zvláště použije-li se ne zcela vhodný model, bylo už dříve prokázáno (Alfaro & Holder 2006). Podpora deinonychosauří a troodontidní identity anchiornise už tak silná není (méně než 50%).
    Je zřejmé, že pokud se úspornostní a věrohodnostní stromek liší, je to proto, že ten druhý je méně úsporný; takže PAUP pro něj našel o 15 podpůrných znaků méně. Na druhou stranu věrohodnost a bayesovská inference přisuzuje komparativně menší význam rychle se vyvíjejícím, ke konvergenci náchylným znakům, takže měřítka spolehlivosti (konzistenční a retenční index) vycházejí v jejich prospěch. (Zde bych zmínil, jaká je škoda, že autoři nepřetiskli celý bayesovský stromek; ujišťují pouze, že se od toho věrohodnostního liší minimálně.) Úspornostní stromek je tak podpořen větším množstvím více homoplastických a ML/bayesovský stromek menším množstvím méně homoplastických znaků. Klad zahrnující archeopteryga a odvozenější ptáky má v bayesovské a věrohodnostní topologii podporu ze strany znaků, které mimo tento klad nenajdeme, zatímco úspornostní topologie je musí interpretovat jako několikrát nezávisle vyvinuté. Patří sem rovnoměrné mezery mezi zuby v přední části maxilly a hemální oblouky (kosti pod centry ocasních obratlů) z přední části ocasu s protáhlými, zploštělými proximálními konci. Jiné znaky je naopak kvůli staronové pozici archeopteryga třeba interpretovat nikoli jako synapomorfie deinonychosaurů, ale všech eumaniraptorů: nejvýznamnější z této kategorie je určitě odtažitelný druhý prst na noze se srpovitým drápem.

Archaeopteryx znovu jako bazální avialan, tentokrát dokonce s aposteriorní pravděpodobností 1. Tento šedý proužek je jedinou částí bayesovského stromku, kterou autoři ve studii přetiskli; ujišťují však, že zbytek se podobá tomu věrohodnostnímu výše. (Modifikováno z Lee & Worthy: Figure 2)

    Je zřejmé, že pod staronovou hypotézou neplatí závěry Xu'a a kolektivu o evoluci maniraptoří lebky a s ní související býložravosti, kterou jsem detailněji rozvedl v příslušném článku. Autoři se také pokoušejí tvrdit, že nachází-li se Archaeopteryx mezi deinonychosaury, musel let vzniknout buď dvakrát nezávisle na sobě (u archeopterygidů a avialanních ptáků), nebo na bázi Paraves, přičemž u odvozenějších deinonychosaurů by musel být redukován (Microraptor) a ztracen (Deinonychus, Troodon). To je špatně hned z několika důvodů: první scénář je dosti nepravděpodobný, druhý nás nutí předpokládat, že Archaeopteryx létal lépe než Microraptor nebo aspoň jinak, přičemž ani jedno vzhledem k jeho neschopnosti zdvihnout křídla nad úroveň zad (Senter 2006) a nártním letkám, která mikroraptorova "zadní křídla" připomínají (Longrich 2006), nemusí být pravda. Lee & Worthy (2011) tvrdí, že jejich topologie žádné brzké ztráty letu nepředpokládá, což není pravda (Epidendrosaurus ani Epidexipteryx nejspíš létat neuměli).
    Autoři uzavírají studii s tradičním paleontologickým voláním po nových fosiliích (+ více informativních znacích), ale také s konzervativním poselstvím ("dramatic reinterpretations of early bird evolution are not yet required") a především entuziastickou podporou využití věrohodnostních metod v paleontologických a obecně morfologických fylogenetických analýzách – velkým sadám dat, jakou představuje třeba právě TWG matrice, to může prospět obzvláště.


*TWG matrice je nejčastějším zdrojem dat pro fylogenetické analýzy neptačích teropodů. Stojí za ní Theropod Working Group (odsud zkratka) složená z vědců kolem American Museum of Natural History; je však soustavně doplňována a opravována "teropodology" ze všech koutů světa. S první verzí přišli Norell et al. (2001) a stavěla na ní podstatná část fylogenetických studií citovaných v tomto článku; Leeho a Worthyho nevyjímaje.

**Avialae: vše příbuznější žijícím ptákům než dromeosauridům. Ve většině fylogenezí ekvivalentní node-based definici Aves, zakotvené na archeopterygovi. "Před-archeopterygním avialanem" jsem měl na mysli taxon, který do Avialae patří, má ale k žijícím ptákům fylogeneticky dál než Archaeopteryx.

Zdroje:

Korunní klady a kmenové linie: co to je a co by to mělo být

    Po delší době následuje další článek z nepravidelné (ale jistě všeobecně oblíbené) série úvah o fylogenetické systematice, inspirovaný Fylogenezí živočišné říše od J. Zrzavého.

1) Korunní klady a kmenové linie v systematice

    V rámci pan-avianů, na nichž budu oba pojmy ilustrovat, rozeznáváme spoustu monofyletických podskupin. Některé z nich nezahrnují nic, co by bylo ještě naživu: třeba pterosauři, ptakopánví nebo tyrannosauroidi. Jiné skupiny ano: třeba plazopánví, teropodi nebo eumaniraptoři. Sada žijících zástupců těchto tří skupin je zrovna pořád stejná (spousta ptáků, dnes rozdělovaných do zhruba 10 500 "druhů"); rozdíl mezi nimi je jen v tom, kolik zahrnují taxonů fosilních – plazopánví víc než teropodi, teropodi víc než eumaniraptoři. Korunní klady se neliší od ostatních kladů tím, že obsahují jen živé věci a fosilie ne (to by pak vůbec nešlo o klady, jelikož by nezahrnovaly dávno mrtvého společného předka), ale tím, kde v nich zahrnuté fosilie stojí. Snad pomůže obrázek:

Eumaniraptora (deinonychosauři + moderní ptáci a vše, co na kladogramu stojí mezi nimi) není korunní klad, ačkoli má žijící zástupce (vyznačené černě a zredukované na vrabce a pštrosa). Problém není v tom, že by do něj i patřily i fosilie (na obrázku šedě), ale to, že mnoho těchto fosilií (dromeosauridi, troodontidi, archeopterygidi, protiptáci a hesperorniti) stojí mimo černou "vidlici" žijících taxonů. Každé větvení na stromku sice lze pootočit, aniž by se nějak změnila celková informace (tj. kdo je komu příbuzný); to ale na náš příklad nemá nejmenší vliv. Ať budeme s jednotlivými uzly otáčet, jak chceme, nic se nezmění na faktu, že zde jsou šedé (vymřelé) taxony stojící mimo černou vidlici.
Další klad, obsahující směsku žijících a vymřelých taxonů: Neornithes. Tentokrát je ale pozice vymřelých ptáků jiná: všichni stojí uvnitř černé vidlice žijících taxonů. Dokonce i Lithornis*, kterého jsem zde záměrně prohodil se pštrosem, stojí ve skutečnosti uvnitř vidlice, jelikož – jak stromek jasně ukazuje – poslední společný předek pštrosa a vrabce byl i jeho předkem. Díky tomu je Neornithes korunním kladem.

    Snad už jsem trochu princip korunních kladů trochu objasnil. Otázkou pak je, k čemu nám je rozeznávání takovéto kategorie vůbec dobré. Proč ji vymezovat oproti ostatním monofyletickým skupinám? Nevytváří se tím umělá hranice mezi živým a vymřelým, mezi paleontologií a neontologií? Sám jsem takový pocit měl. Řečeno se slovníkem FyloKódu (Cantino & de Queiroz 2006 – záměrně vybírám starší draft, protože definice z něj mi připadá jasnější než v předchozích i pozdějších verzích) jsou korunní klady podmnožinou node-based kladů (viz níže), pro kterou platí, že obě větve vyrůstající z bazálního uzlu (případně všechny větve, je li bazální uzel polytomií) mají žijící zástupce; "bazálním uzlem" je zde přitom myšleno místo, kde se stýkají obě ramena "vidlice". Proč ale nezavést třeba speciální kategorii node-based kladů, kde obě větve vyrůstající z bazálního uzlu mají zástupce žijící v pozdním kampánu (ediakaru, oligocénu)?

    – Je to proto, že autoři systematiky nežili ani v pozdním kampánu, ani v ediakaru, ani v oligocénu, ale dnes; a od organizmů, které žijí spolu s nimi, mohou i získat takové informace, které se z fosilií nikdy nedovědí. Jistě, takové věci je vždy poněkud riskantní říkat – zvlášť dnes, kdy sekvenujeme proteiny ze svrchnokřídových kostí a zjišťujeme barvu jurského peří. Ale i tak je těžké popřít, že toho víme víc dejme tomu o papoušcích než o pterosaurech: žijící organizmy mají v biologii privilegované místo.
    Že by tedy koncept korunních kladů přece jen vytvářel hranici mezi živým a vymřelým? Ne, není tomu tak. Dalo by se dokonce říct, že žijící organizmy privileguje proto, aby se usnadnila a zpřesnila komunikace o organizmech fosilních. To je zřejmě třeba trochu rozvést.

    O biologii fosilních organizmů se něco můžeme dozvědět dvěma způsoby. Ten první je přímý: vyvodit to z fosilií. Ty nám můžou říct spoustu věcí: jak rychle a jakým způsobem se zvíře pohybovalo, může poskytnout přinejmenším náznaky o rychlosti jeho metabolizmu atd. Je úžasné, kolik se toho lze dozvědět o dinosauří reprodukční a populační biologii jen z fosilních kostí, stop, vaječných skořápek a jejich tafonomie: zda byla mláďata altriciální nebo prekociální, jak rychle rostla a jak tím byly ovlivněny jejich interakce se soudobými predátory. Na druhou stranu ale takové poznatky nejsou myslitelné bez unikátních lokalit s mnoha exempláři jediného taxonu v bezprostřední blízkosti svých hnízd (Maiasaura), jejichž počet je extrémně nízký; a i tehdy, když takové lokality k dispozici jsou, se paleontologové pořád nemusejí shodnout v jejich interpretaci (viz třeba právě spor o krmivost či nekrmivost mláďat maiasaury: Horner & Makela 1979 verzus Geist & Jones 1996). Na rozdíl od ptáků nebo krokodýlů se na hnízdění neptačích dinosaurů prostě nemůžeme podívat; stejně tak zjistíme jen velmi málo o jejich embryologii, genetice či měkkých tkáních. O věcech, které nefosilizují, nám toho fosilie moc říct nemůžou.
    Touto vadou ovšem netrpí druhý způsob, který poprvé pojmenoval a rozvedl – ačkoli zřejmě nevynalezl – Witmer (1995). Tento postup velice elegantně vychází z principu parsimonie: pokud dva blízce příbuzné žijící taxony (třeba ptáci a krokodýli) sdílí nějakou vlastnost, pak je úspornější předpokládat, že tato vlastnost vznikla jen jednou někde u posledního společného předka obou taxonů (1 krok) než dvakrát, tj. u ptáků i krokodýlů zvlášť (2 kroky). A pokud ji od společného předka zdědili žijící taxony, pak – nemáme-li důkazy o opaku – je úspornější, že ji od něj zdědili i ti jeho potomci, kteří nepřežili do současnosti a zanechali nám jen fosilie. Witmer (1995) to nazval "fylogenetické ohraničování žijícími organizmy" (EPB, Extant Phylogenetic Bracket; "bracket" a moje "vidlice" jsou dvě různé metafory pro stejnou věc). Využijeme jej např. tehdy, když nás zajímá, zda měli neptačí dinosauři čtyřkomorové srdce. Fosilní doklady nejsou žádné: divná hrudka v hrudním koši jednoho exempláře tescelosaura, nazvaného Willo, sice byla v podezření na fosilizovaný pozůstatek právě tohoto orgánu, ale Cleland et al. (2011) prokázali, že jde ve skutečnosti o rozpadlou konkreci – skutečnost, že z ní někteří vyčetli čtyřkomorovost, neukazuje paleontologii zrovna v přívětivém světle. K fylogenetickému ohraničování ale žádná fosilní srdce nepotřebujeme: krokodýli jej mají čtyřkomorové, ptáci taky, neptačí dinosauři jsou bezesporu uvnitř vidlice tvořené ptáky a krokodýly – zkrátka není co řešit.

    To, že i fylogenetické ohraničování se občas sekne (zdá se třeba, že sauropodomorfové o svá mláďata po vylíhnutí pečovali jen velmi málo nebo vůbec, ačkoli EPB předpovídá rodičovskou péči slušnou), zde není důležité a nesouvisí to s celkovou pointou. Tou by mělo být, že korunní klady nám fylogenetické ohraničování umožňují, zatímco jiné druhy kladů ne. Příklad: spousta žijících ptáků disponuje tzv. kostrční (uropygiální) žlázou, která produkuje olejovitý výměšek, jenž si ptáci vtírají do peří. Udržují jej tak pružné, zabraňují jeho promočení a někdy mu tím i dodávají barvu. Měli kostrční žlázu i vymřelí ptáci, dejme tomu eocénní Messelastur nebo svrchnojurský Archaeopteryx? Z fosilií to nezjistíme; kostrční žláza je v tomto ohledu ještě beznadějnější než srdce. Nezbývá tedy, než se podívat na fylogenetickou pozici obou taxonů a aplikovat EPB. Nevíme přesně, kam patří Messelastur: snad by to mohl být příbuzný dnešních papoušků (Mayr 2010), rozhodně ale pozemní pták a tedy hluboce usazený zástupce korunního kladu Neornithes. Jelikož pozemní ptáci a neorniti obecně kostrční žlázou až na několik zjevně odvozených výjimek** disponují, můžeme říct, že ji měl i Messelastur. Oproti tomu Archaeopteryx do ptačího korunního kladu nepatří; takže o tom, zda kostrční žlázu měl nebo ne, nemůžeme říct vůbec nic.
    Můžeme namítnout, že i Archaeopteryx do korunního kladu patří – vlastně do celé řady korunních kladů, počínaje pozemským životem jako takovým (vidlice tvořená z jedné strany bakteriemi a z druhé neomurami) a konče archosaury, tj. vidlicí s krokodýly na jedné straně a žijícími ptáky na straně druhé. Jenže to je právě ono: u archeopteryga si můžeme být relativně jistí jen přítomností toho, co najdeme jak u krokodýlů, tak i moderních ptáků***. Kostrční žláza do této kategorie nepatří, jelikož jedna strana vidlice ji má (neorniti) a druhá ne (krokodýli – ti se vůbec svému peří příliš nevěnují).
    Kdybych měl vše výše uvedené shrnout, řekl bych, že výhoda rozeznávání korunních kladů spočívá v tom, že nám umožňuje jasně rozpoznat, co ještě o vymřelých zvířatech můžeme říct a co už ne. Pro odstrašující případ není třeba chodit daleko: Hennig (1983) prohlásil kostrční žlázu za synapomorfii kladu Aves, což by bylo naprosto v pořádku, kdyby jménem Aves označoval korunní klad. Jenže Hennigovo Aves zahrnovalo i spoustu fosilií stojících mimo korunu – ve skutečnosti zřejmě úplně všechna zvířata, blíže příbuzná žijícím ptákům než krokodýlům. A u těch je přítomnost kostrční žlázy zcela neznámá a někdy i extrémně nepravděpodobná.

    Když už byl vysvětlen – a doufám, že i ospravedlněn – koncept korunních kladů, s kmenovými liniemi se můžeme vypořádat velmi rychle. Každý jednotlivý korunní klad, ať už jsou to cévnaté rostliny, sinice nebo papoušci, souvisí s právě jedním "total kladem" (total group, pan-monophylum, stem clade, panstem). Total klad zahrnuje daný korunní klad a všechny fosilie, které k němu mají blíž, než ke kterémukoli jinému vzájemně výlučnému korunnímu kladu. Do total kladu ptáků (zvaného Avemetatarsalia) tedy krom moderních ptáků samotných patří ještě zbytek teropodů, sauropodomorfové, ptakopánví, silesauridi, lagerpetidi a pterosauři; do krokodýlího total kladu (Crurotarsi nebo také Pseudosuchia) patří mimo krokodýlů také parafyletičtí "sfenosuchové", rauisuchidi, poposauroidi, étosauři a ornitosuchidi; v total kladu členovců najdeme nejen členovce, ale i anomalokaridy (poměrně známé vrcholové predátory pozdního kambria) a opabinidy (ty potvory s pěti očima a zubatým chobotem); v total kladu cévnatých rostlin (Pan-Tracheophyta) vedle tracheofyt samotných třeba taxony Aglaophyton a Horneophyton.
    Kmenovou linii (stem group) pak lze definovat jako "total klad minus korunní klad". Z definice jde tedy o parafyletická uskupení (zahrnují společného předka, ale ne všechny jeho potomky), ale velice usnadňují komunikaci: řekneme-li o messelasturovi, že mohlo jít o stem-papouška nebo zástupce kmenové linie papoušků, sdělujeme tím něco, co bychom jinak museli vyjadřovat dlouhým opisem: Messelastur nebyl potomkem posledního společného předka všech žijících papoušků, ale je papouškům blíže příbuzný, než kterékoli jiné žijící skupině. Jasnější asi opět bude obrázek:

Tři kategorie kladů, rozdělených podle přežití (či nepřežití) jejich zástupců. Korunní klady (černé vidlice) jsou takové klady, kde obě větve vyrůstající z bazálního uzlu ("crown node") mají žijící zástupce. Total klad zahrnuje jednak korunní klad, jednak šedé "postranní větve" (side branches), které žijící zástupce nemají, ale jsou zahrnutému korunnímu kladu blíže příbuzné než jiným žijícím taxonům. Kmenovou linii získáme odečtením korunního kladu od total kladu: jde o parafyletický soubor oněch "postranních větví". De Queiroz přisuzuje odlišné významy pojmům "stem group" a "stem lineage", což se ale – mohu-li soudit – příliš neujalo. (Zdroj: de Queiroz 2007: Figure 2)

2. Korunní klady a kmenové linie ve Fylogenezi živočišné říše

    Tento význam pojmů crown group, stem group a total clade pro mě byl jediný známý, a odchylky od něj (třeba označení bazálních dinosauromorfů za "dinosaur stem lineage" [Brusatte et al. 2010]) jsem byl zvyklý považovat prostě za chyby, vzniklé z nepochopení daného konceptu. Proto jsem byl překvapen, když jsem se ve Fylogenezi živočišné říše (Zrzavý 2006), která představuje zřejmě nejlepší česky psaný úvod do fylogenetické systematiky, setkal nejen s jeho nedodržením, ale i přímou kritikou.
Všichni se shodneme, že zvíře je pes, moucha i nezmar; o to, zda mezi živočichy patří i houbovci (Porifera), se vedly spory, ale dnes už o tom nikdo nepochybuje. První definice živočišné říše tedy může znít takto: živočichové jsou pes, moucha, nezmar, houbovec, jejich poslední společný předek a zároveň všichni (i ti nezmínění) potomci tohoto předka.
    [...] Víme, že sesterskou skupinou živočichů jsou houby; a protože to víme, přiblížili jsme se k druhé možné definici "živočichů": jsou to všechny organismy, které jsou fylogeneticky bližší psovi než žampionu. Takto definovaní živočichové (Holozoa) samozřejmě obsahují všechny živočichy podle první definice (těm říkáme "korunová skupina" neboli "crown group", abychom pokračovali ve vžité stromové metaforice), ale možná i něco navíc.
    Na tento dvojí způsob vymezování taxonů budeme narážet co chvíli; to, čím se od sebe oba způsoby liší, jsou ty organismy, které do "korunového" taxonu dle první, úzké definice nepatří, ale zároveň jsou mu blíž než jiným srovnatelným taxonům. Označujeme je za příslušníky tzv. kmenové linie ("stem lineage"). Mnozí autoři trvají na tom, že do kmenové linie se mohou zařazovat pouze druhy vymřelé, zatímco každý druh recentní musí patřit do nějaké korunové skupiny, třeba zcela nepatrné [37], ale tento pustý formalismus nejen překáží, ale především neoprávněně zdůrazňuje umělou a nezajímavou hranici mezi organismy vymřelými a dosud ještě nevymřelými.

Zrzavý 2006:23–4; ref. 37 odkazuje na Axe (1996)

3. Co by korunní klady a kmenové linie měly znamenat

    Nyní se budu věnovat otázkám, jaký význam měly oba pojmy při svém vzniku a která verze je pro komunikaci o fylogenetických hypotézách výhodnější. Otázkou také je, zda by si šlo nějak ponechat oba významy – ten z FŽŘ i ten, který byl přisouzen Axovi.

3.1 Historie

    Bylo by asi užitečné začít s tím, který význam pojmů crown group a stem group je ten původní – zda ten z FŽŘ, nebo ten, který je popsán výše a v knize kritizován. Literatura, která je mi dostupná, jednoznačně uvádí, že rozdělení kladů do dvou kategorií podle přežití či nepřežití jejich zástupců zavedl už otec fylogenetické systematiky Willi Hennig (1965). Dnešní terminologii pak zavedl Jefferies (1979), když Hennigovu "*group" přejmenoval na "crown group" (Donoghue 2005; de Queiroz 2007). Donoghue (2005) také popisuje následovné změny v užívání obou pojmů, z nichž explicitně vyplývá, že význam, v němž je užívá J. Zrzavý, je s původním konceptem neslučitelný. Jeho text zde ocituji i s užitečnými referencemi:
Although all stem taxa are, by definition, extinct (Hennig 1981; Ax 1987), extant taxa have begun to be described as members of stem groups. For instance, tunicates have been recognized as stem-chordates (Bassham et al. 1999), and many exclude extant protists from ‘‘crown-eukaryotes’’ if they fall outside the clade encompassing Plantae, Fungi, and Animalia (e.g., Best et al. 2004). At the same time, a wide variety of entirely extinct clades, from trilobites to sauropterygians, have been partitioned into stems and crowns (e.g., Ax 1985, 1987 [...]).

    Nevertheless, the prevalence with which this kind of abuse of Hennig’s concepts occurs indicates that there is a need for a suite of terms articulating the relationship between components of an extinct clade in a manner that it is analogous to stems and crowns and even total groups in the true sense.

Donoghue 2005:556
    Podobné stížnosti nejsou v literatuře ojedinělé. S jednou podobnou (a sebekritickou) přichází Budd (2001), a to v práci, jejíž titulek paradoxně na první pohled působí právě jako ukázka tohoto fenoménu:
It should be absolutely clear from the above that no member of a stem-group at any level can be living, even if merely basal members of crown-groups are sometimes loosely and confusingly called ‘stem-group members’ of a group (such as urochordates and cephalochordates (Bassham et al. 1999)). Palaeontologists sometimes also feel tempted to use the term to refer to basal members of an extinct clade such as trilobites and graptolites, an inaccuracy to which the present author admits (Budd 1995). If a clade has no living members, a crown-group cannot be defined, and therefore neither can a stem-group unless by reference to a typological concept of the taxon that the stem- and crown-group distinction is partly meant to do away with.

Budd 2001:267; zvýraznění je moje
    Zajímavé je jedno: ačkoli Donoghue i Budd hodnotí užívání pojmu "stem group" pro žijící taxony (nebo naopak pojmu "crown group" pro čistě fosilní skupiny) jako nesprávné a matoucí, souhlasí s tím, že je třeba tento význam kmenové linie nahradit nějakou nekontrovezní, nematoucí sadou pojmů. Ideálně by měly být stejně objektivní, jako jsou v hennigovském pojetí crown group a stem group, ale měly by být použitelné univerzálně, bez ohledu na to, zda je aplikujeme na organizmy žijící nebo vymřelé.
    Oba autoři revidují hrstku dosavadních pokusů takové pojmy zavést. Shodně zamítají návrh, za kterým stojí Craske & Jefferies (1989), zahrnující systém "apikálních skupin", "plezionů" a "paraplezionů" – Donoghue (2005) jako příliš komplikovaný, Budd (2001) jako nepraktický pro malý rozsah apikální skupiny. Totožné jsou jejich výhrady proti konceptu Monkse (2002), který časové kritérium rozšířil podobným způsobem, jaký jsem zmínil výše. Rozdělil fosilní taxony do "†crown groups" a "†stem groups", přičemž do první kategorie by patřilo to, co by za korunní klad označil neontolog žijící v určitém období (např. raném ordoviku). Volba takového časového horizontu je ale čistě subjektivní a požadavky Budda ani Donoghue'a tedy nesplňuje.

Koho nudí kladogramy? Nás ne! Ilustrace zobrazuje totéž, co ta de Queirozova výše, takže ji sem vkládám čistě pro její historickou hodnotu: jde o přetisk z Jefferiese (1979), který do anglofonního světa uvedl pojmy crown group (ekvivalent Hennigovy "*group") a total group. Jak je z obrázku zřejmé, původním kritériem bylo přežití do dnešní doby. (Zdroj: Budd 2003: Figure 2)

3.2 Crown/total verzus node-based/branch-based

    Donoghue (2005) nicméně podotkl, že jeden zcela vyhovující, objektivní systém už máme. Je jím fylogenetická nomenklatura, která definuje jména monofyletických skupin skrze to, v jakém místě stromku vznikají. S prvními fylogenetickými definicemi přišel Gauthier (1984, 1986), který pak ve spolupráci s herpetologem Kevinem de Queirozem celý systém rozvinul (de Queiroz & Gauthier 1990, 1992, 1994) a definice zpětně rozdělil do tří různých typů:
  • node-based definice: A, B, jejich poslední společný předek, a všichni potomci tohoto předka
  • stem-based definice: první předek A, který již nebyl předkem B, a všichni potomci tohoto předka
  • apomorphy-based definice: první předek A, který nesl odvozený znak M (jaký najdeme u A), a všichni potomci tohoto předka
    Poslední z těchto definic nyní můžeme zanedbat. Nás zajímá fakt, že první dvě jsou zjevným zobecněním Hennigových, resp. Jefferiesových, korunních kladů a total kladů. Korunní klad je speciálním příkladem node-based kladu; existují i node-based klady, které jsou kompletně vymřelé (Diplodocus, Brachiosaurus, jejich poslední společný předek a všichni potomci tohoto předka), nebo které zčásti zasahují do stem group (klad Eumaniraptora z prvního obrázku v tomto článku patří právě mezi ně). Některé "stem-based" klady jsou současně total klady (první předek vrabce, který není předkem krokodýla, a všichni jeho potomci), jiné ne (první předek vrabce, který není předkem diplodoka, a všichni jeho potomci; první předek diplodoka, který není předkem brachiosaura, a všichni jeho potomci). Ekvivalent kmenových linií zde však, pravda, chybí: neexistuje žádný obecný název pro parafyletická uskupení vzniklá odečtením node-based kladů od "stem-based" kladů. Stále je ale možné pojmenovávat individuální parafyly: neptačí dinosauři, non-artropodní ekdysozoani apod.
    Z výše uvedených příkladů je asi patrné, že pojmy "stem-based klad" a "stem group" se mohou snadno plést, což pochopitelně není žádoucí v systému, který má usnadnit a zpřehlednit komunikaci o fylogenetických hypotézách. Donoghue (2005:557) navrhl "stem-based" definice jakožto mladší z obou termínů nějak přejmenovat, což se v 3. verzi FyloKódu skutečně stalo (Cantino & de Queiroz 2006; viz také komentář de Queiroze [2007]): nyní máme branch-based definice. Jména pro klady typu (Anomalocaris + moucha) nebo (Diplodocus + vrabec) je samozřejmě možné definovat dál, ale existují dva dobré důvody, proč jim neříkat korunní skupiny: 1) odporuje to původnímu významu pojmu crown group, 2) neumožňuje nám to rozeznávat tu podmnožinu node-based kladů, kterou jsme korunními skupinami nazývali původně.
    Stále jsem ale neukázal, že vymření/nevymření je vhodnějším kritériem pro rozeznávání kmenových linií nežli porovnatelnost.

3.3 Přežití verzus porovnatelnost

    Zrekapitulujme tedy situaci. Momentálně soutěží následující dvě definice stem group, otázkou je, která je v systematice praktičtější:
  • parafyletický shluk taxonů, které nepatří do korunního kladu X, ale jsou mu příbuznější než nejbližšímu vzájemně výlučnému korunnímu kladu Y (kritérium přežití)
  • parafyletický shluk taxonů, které nepatří do node-based kladu X, ale jsou mu příbuznější než nejbližšímu vzájemně výlučnému srovnatelnému kladu Y (kritérium porovnatelnosti)
    Prvním důvodem, proč je první definice lepší, se zdá být jednoznačnost: něco vymřelé buď je, nebo není; rozhodovat o tom, jaké dvě skupiny jsou srovnatelné, už je horší.
    Trochu ironické tedy je, že až do loňského roku a příchodu FyloKódu verze 4c to s přežitím zas tak jednoznačné nebylo, a bylo otázkou, jak nakládat s taxony, které vymřely v historické době (jako jsou ptáci moa nebo Stellerovy mořské krávy). Benton (2000) se dokonce tázal, zda by savci přestali být korunním kladem, kdyby vymřely všechny čtyři "druhy" ptakořítných – Brochu et al. (2009) mu odpověděli že ne, nepřestali, jelikož z hlediska korunních kladů není na žijících organizmech zajímavý samotný fakt, že ještě pořád běhají (skákají, létají, plavou, rostou) okolo, ale že lze poznat i takové aspekty jejich biologie, které nefosilizují; a toto poznání bychom měli u ptakořitných díky exemplářům v muzejních sbírkách a předchozím pozorováním k dispozici i po jejich eventuálním vymření. Zmíněná poslední verze FyloKódu ale přesto pro systematické účely upřesnila předěl mezi žijícím a vymřelým na 1500 n. l. (Cantino & de Queiroz 2010; detaily viz zde).
    Konečným argumentem pro větší praktičnost původního, hennigovského pojetí kmenových linií je dle mého názoru jeho objektivnost. Zda nějaký organizmus v roce 1500 běhal, skákal, plaval, létal či rostl okolo je objektivním faktem, nezávislým na dojmech a pocitech systematiků, zatímco s porovnatelností tomu tak není. I kdybychom upřesnili, v čem přesně musejí být klady vymezující kmenovou linii srovnatelné (a možností není málo), odpověď na otázku, jak velký může rozdíl mezi oběma skupinami být, abychom je ještě za srovnatelné přijali, je stále čistě subjektivní. Rezignujeme-li ovšem na hledání univerzálního, objektivního kritéria, stává se ze stem group extrémně vágní koncept: vše, co je dostatečně blízké X, ale ještě to X není. Co znamená "dostatečně"? Your mileage may vary. Otázkou je, proč se s tím tak dřít a té sbírce plísňovek, filastereí a trubének, o kterou ve zmíněném úryvku z FŽŘ šlo, neříkat místo "kmenové linie živočichů" třeba "non-metazoanní holozoani". To je aspoň jednoznačné, zatímco rozsah kmenové linie definované skrze kritérium porovnatelnosti závisí čistě na vkusu autora.

4. Jak to všechno souvisí s FyloKódem

    Jak je patrné ze spíše sporadických zmínek FyloKódu v textu, moc ne†. V něčem však přece: hlavním cílem FyloKódu je dosáhnout maximální stability biologického názvosloví. Explicitní premisou přitom je, že názvosloví, které se mění nejen se změnou stavu poznání, ale i se změnou vkusu, stabilitu zajistit nedokáže. Cílem FyloKódu je tedy přenechat na autorově vkusu tak málo, jak je jen možné, což představuje drastický rozdíl oproti úrovňovým kódům typu ICZN, které (parafrázuji J. Zrzavého) poskytují prostředky k jakékoli taxonomické akci, kterou autoři uznají za vhodnou. Pod FyloKódem není možný splitting ani lumping a již existující jméno není možné změnit jen proto, že se danému autorovi zdá, že tohle by vážně měla být spíš podčeleď. Na úvaze autora stále zůstává, jaká skupina si zaslouží jméno a jaké by toto jméno mělo být (a někdy ani to ne††), ale ne o moc víc. O tom, který přístup je lepší, nakonec rozhodne čas – čas, který se začne odpočítávat 1.1.201x.


*Lithornis je souhrnný název pro létavé paleognátní ptáky z paleocénu a eocénu, zřejmě blízce příbuzné tinamám (Johnston 2011).

**Otravné na mnou zvoleném příkladu je to, že mezi ony odvozené výjimky postrádající kostrční žlázu patří zrovna některé skupiny papoušků, tedy možných nejbližších živých příbuzných messelastura. Naštěstí se absence této struktury omezuje jen na amazoňany (Amazona) a ary kobaltového, hyacintového (Anodorhynchus) a Spixova (Cyanopsitta), tedy odvozené zástupce Arinae, což by mou inferenci pro messelastura nemělo ohrozit.

***Můžeme samozřejmě namítnout, že takhle to zdaleka vždy nefunguje: krokodýli nemají peří, moderní ptáci ano, Archaeopteryx není moderní pták, a přesto jsme si (díky několika fosiliím s nádhernými otisky letek a rýdováků) zatraceně jistí, že Archaeopteryx peří měl – i když je podle EPB situace nerozhodnutelná. Witmer (1995) takovou situaci nazývá "‘Extant’ Phylogenetic Bracket" a v zásadě shledává archeopteryga  stejně spolehlivou stranou vidlice, jako jsou žijící taxony, takže inference peří pro taxony uvnitř této vidlice uznává za nejbezpečnější možnou (I. typu).

†Upřesnění: FyloKód nesouvisí s otázkou významu pojmů crown group a stem group, jelikož vznikl teprve dlouho poté, co oba vstoupily do literatury. Jinak ale zahrnuje celou řadu článků týkajících se speciálně korunních kladů, včetně kontroverzního doporučení 10.1B, podle nějž by nejznámější jména (Aves, Mammalia) měla být přednostně přiřazena právě jim.

††Tak třeba máme-li korunní klad X a chceme pojmenovat jeho total klad, musíme podle FyloKódu zvolit název Pan-X. Výjimkou je situace, kdy už pro onen total klad bylo použito nějaké jiné jméno: proto se ptačí total klad nejmenuje Pan-Aves ani Pan-Neornithes, ale Avemetatarsalia. (Stále mu ovšem můžeme neformálně říkat pan-Aves či pan-Neornithes, s malým písmenem na začátku a bez kurzivy.)

Zdroje: